单位让员工签有违约金的协议是否合法，需分情况讨论：
一般情况下，劳动合同中约定违约金并不合法
根据《劳动合同法》第二十五条的规定，除两种特殊情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，在大多数情况下，如果单位在劳动合同中随意设定违约金条款，该条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
两种允许约定违约金的特殊情形
- 服务期约定：如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与其约定了服务期，那么劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。如果劳动者违反竞业限制约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。
其他情形下约定违约金的效力
除了上述两种特殊情形外，如果用人单位在劳动合同中约定了其他类型的违约金，如劳动者提前解除劳动合同需支付违约金等，这些条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。劳动者有权拒绝支付此类违约金，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的约定。如果发现合同中存在不合理的违约金条款，应及时与用人单位沟通协商，要求修改或删除。如果用人单位坚持要求签订含有不合理违约金条款的合同，劳动者应谨慎考虑是否继续签订该合同，并在必要时寻求法律援助。
- 对于用人单位：在制定劳动合同时，应严格遵守法律法规的规定，不得随意设定违约金条款。如果确实需要约定违约金，应确保符合法律规定的两种特殊情形，并合理确定违约金的数额和支付方式。同时，用人单位还应加强对劳动者的法律培训和教育，提高劳动者的法律意识和合规意识。
可能后果：
- 如果劳动者违反了合法有效的违约金条款（如服务期约定或竞业限制约定），可能需要按照约定向用人单位支付违约金。
- 如果用人单位在劳动合同中约定了不合理的违约金条款，这些条款可能被认定为无效，劳动者无需支付违约金。如果用人单位因此给劳动者造成损失的，还可能需要承担赔偿责任。
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