公司设定违约金在一定条件下是合法的，但必须基于明确的法律依据和双方自愿的约定，且违约金的数额应合理并符合法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法性依据

1. 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：

   • 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为违约金的存在提供了法律基础。
   • 约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条和第二十三条：

   • 服务期约定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，进行专业技术培训，并与劳动者订立协议，约定服务期。若劳动者违反服务期约定，则应按约定向用人单位支付违约金，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用中尚未履行部分所应分摊的费用。
   • 竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予经济补偿。若劳动者违反竞业限制约定，则应按约定向用人单位支付违约金。

二、合法条件

1. 服务期约定：

   • 用人单位必须为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训。
   • 双方必须订立了服务期协议，且劳动者违反了该协议。
   • 违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用中尚未履行部分所应分摊的费用。

2. 竞业限制约定：

   • 劳动者必须负有保密义务。
   • 双方必须在劳动合同或保密协议中约定了竞业限制条款。
   • 用人单位必须按照约定在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
   • 劳动者违反了竞业限制约定。

三、违约金的合理性

• 违约金的数额必须合理，不能过分高于因员工违约所造成的实际损失。如果约定的违约金过高，员工有权请求人民法院或仲裁机构对过高的违约金进行适当减少。
• 违约金的设定应旨在补偿守约方的实际损失，而非对违约方进行惩罚性制裁（除非法律另有规定）。

四、不合法的情况

1. 无合法依据随意设定违约金：

   • 公司在劳动合同中随意约定不合理的违约金情形，如员工提前离职就要支付高额违约金，且该违约金并非基于服务期或竞业限制等法定情形，这种约定是不合法的。

2. 未履行相关义务却要求扣违约金：

   • 在竞业限制约定中，如果用人单位没有按照约定向劳动者支付竞业限制经济补偿，或者在服务期约定中没有按照约定提供培训等相关服务，却要求劳动者支付违约金，这也是不合法的。

五、员工权益保护

• 公司不能随意对员工进行罚款或扣违约金。如果员工没有违反任何规定，公司无权对其处以罚款或要求支付违约金。
• 员工认为公司扣取的违约金不合理时，可以通过法律途径进行申诉，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

举例说明：

• 假设某公司为员工提供了价值5万元的专业技术培训，并约定了5年的服务期。若员工在服务期内提前离职，且未按照约定支付违约金，则公司有权要求员工支付违约金，但违约金的数额不得超过尚未履行部分所应分摊的培训费用（如员工已服务2年，则违约金不得超过3万元）。
• 假设某公司与员工约定了竞业限制条款，并在员工离职后按月支付了经济补偿。若员工违反了竞业限制约定，则公司有权要求员工支付违约金，违约金的数额应按照双方约定执行，但不得过分高于公司因员工违约所造成的实际损失。

总结与建议：

公司在设定违约金时，必须确保有明确的法律依据和双方自愿的约定，且违约金的数额应合理并符合法律规定。员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，对于不合理的违约金要求，有权拒绝并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。