结论：公司发现金工资本身并不违法，但个税系统没有显示可能会带来一系列问题，且正常情况下不会影响退休，但若因未显示导致社保缴费记录缺失等特殊情况，则可能间接影响退休。以下为你详细分析：

公司发现金工资的合法性

1. 法律层面：从法律角度来看，公司发现金工资并不直接违法。工资支付形式有多种，包括现金、银行转账等，只要公司按时足额支付员工工资，不拖欠、不克扣，就符合《劳动法》和《劳动合同法》中关于工资支付的基本要求。
2. 税务层面：然而，从税务角度来看，公司发现金工资需要确保依法申报和缴纳个人所得税。如果公司未将现金工资纳入个税申报系统，或者未按照实际工资水平缴纳个人所得税，就可能构成偷税漏税行为，这是违法的。

个税系统没有显示的影响

1. 税务风险：个税系统没有显示现金工资，首先面临的是税务风险。税务机关可能无法准确掌握员工的实际收入情况，从而影响税收征管的公平性和有效性。对于公司而言，如果被发现存在偷税漏税行为，将面临罚款、滞纳金等处罚；对于员工而言，也可能因未依法纳税而面临税务处罚。
2. 社保缴费：个税系统记录也是社保缴费的重要依据之一。如果个税系统没有显示现金工资，可能导致社保缴费基数不准确，进而影响员工的社保权益。例如，养老保险、医疗保险等社保待遇的领取，都与缴费基数和缴费年限密切相关。
3. 证明收入：在需要证明收入的情况下，如申请贷款、办理签证等，个税系统记录是重要的证明材料之一。如果个税系统没有显示现金工资，可能给员工带来不必要的麻烦。

对退休的影响

1. 正常情况下：在正常情况下，退休主要依据的是员工的社保缴费年限和缴费基数。只要员工在退休前依法缴纳了足够年限的社保，且缴费基数符合规定，就可以享受相应的退休待遇。因此，个税系统没有显示现金工资，并不会直接影响员工的退休。
2. 特殊情况：然而，在特殊情况下，如因个税系统没有显示现金工资导致社保缴费记录缺失或缴费基数不准确等，可能间接影响员工的退休待遇。例如，如果因缴费基数不准确导致养老保险待遇领取金额减少等。但这种情况相对较少见，且通常可以通过补缴社保、调整缴费基数等方式进行补救。

建议：

• 对于公司而言，应依法申报和缴纳个人所得税，确保个税系统准确记录员工的现金工资收入。
• 对于员工而言，应关注自己的个税系统记录，确保工资收入得到准确反映。如果发现个税系统没有显示现金工资或存在其他异常情况，应及时与公司沟通并咨询税务机关或专业律师的意见。

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