两个行政处罚案件的罚款总额是否可以超过5000元，这主要取决于具体的法律法规以及每个案件的违法情节和处罚依据，无法一概而论。以下从几个角度进行详细分析：
法律法规的明确规定：
- 不同的法律法规对行政处罚的限额有不同的规定。例如，某些法律可能规定对特定违法行为的罚款上限为5000元，而其他法律则可能规定更高的或更低的罚款限额。
- 如果两个案件分别违反了不同的法律，且这些法律对罚款限额的规定不同，那么两个案件的罚款总额完全有可能超过5000元。
违法情节的严重程度：
- 行政处罚的罚款数额通常与违法情节的严重程度成正比。如果两个案件的违法情节都较为严重，那么即使它们违反的是同一部法律，罚款总额也可能超过该法律规定的单次罚款上限（如果法律允许累计处罚的话）。
- 需要注意的是，有些法律可能规定对同一违法行为不得重复处罚，或者对连续违法行为视为一次违法行为进行处罚，这种情况下罚款总额就不会因为案件数量而简单累加。
处罚依据的独立性：
- 如果两个案件是独立的，即它们之间没有直接的关联或连续性，且分别违反了不同的法律条款或同一法律的不同条款，那么对这两个案件分别进行处罚是合法的，罚款总额也可能因此超过5000元。
特殊情况的考虑：
- 在某些特殊情况下，如涉及多个违法行为人、多个违法行为地或多个违法行为时间等，行政机关可能会根据具体情况对罚款数额进行综合考量，但这并不意味着可以随意突破法律法规规定的罚款限额。
法律建议：
- 对于具体的行政处罚案件，如果涉及罚款数额的争议，建议首先查阅相关的法律法规，了解罚款限额的具体规定。
- 如果认为行政机关的处罚决定存在违法或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
举例说明：
- 假设有两个案件，案件A违反了《A法》，该法规定对此类违法行为的罚款上限为3000元；案件B违反了《B法》，该法规定对此类违法行为的罚款上限为4000元。那么，对这两个案件分别进行处罚后，罚款总额完全有可能超过5000元（即3000元+4000元中的部分或全部，具体取决于实际处罚数额）。
综上所述，两个行政处罚案件的罚款总额是否可以超过5000元，取决于具体的法律法规、违法情节以及处罚依据的独立性等多种因素。如有具体案件或法律问题，可直接向我咨询。