考不出医师证扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 合法性分析：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中可以约定劳动报酬、工作条件等事项。如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了“考不出医师证将扣减工资”的条款，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在显失公平等情形，那么该条款是有效的。在此情况下，用人单位依据该条款扣减工资，可能被视为合法行为。
   • 注意事项：然而，即便劳动合同或规章制度中有此约定，用人单位也需确保该约定不违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等。同时，用人单位应确保劳动者在签订劳动合同时已充分了解并同意该条款，避免因信息不对称或欺诈等情形导致条款无效。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定：

   • 合法性分析：如果劳动合同或用人单位的规章制度中并未明确规定“考不出医师证将扣减工资”的条款，那么用人单位单方面扣减工资的行为可能缺乏法律依据。在此情况下，用人单位的行为可能构成违法扣减工资，劳动者有权要求用人单位补发被扣减的工资，并可能依据相关法律法规要求用人单位承担相应的法律责任。
   • 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

建议与风险提示：

• 对于劳动者：如果面临用人单位因考不出医师证而扣减工资的情况，首先应查看劳动合同和用人单位的规章制度中是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，劳动者有权拒绝用人单位的扣减要求，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：在制定劳动合同和规章制度时，应确保条款的合法性和合理性，避免因条款违法或显失公平而引发劳动争议。同时，用人单位在扣减工资前应与劳动者进行充分沟通，确保劳动者了解扣减的原因和依据，并尽可能通过协商方式解决问题。

总结：考不出医师证扣工资是否合法，取决于劳动合同或规章制度中是否有明确约定以及该约定是否合法有效。在处理此类问题时，建议劳动者和用人单位都应遵循法律法规的规定，通过合法途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。