医院因考试不过扣休是否合法，需分情况讨论：
若医院规章制度合法且已公示，考试不过扣休可能合法
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定规章制度，但需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者。若医院规章制度明确规定“考试不合格将扣减休息时间或影响薪酬”，且该制度合法、合理、不违反强制性法律规定，同时已向员工公示或告知，则医院可能依据此制度执行扣休。
- 关键点：制度合法性（不违反法律强制性规定）、民主程序（如职工代表大会参与）、公示或告知（员工知悉并同意）。若制度未公示或未告知员工，或制度内容违法（如侵犯员工基本权利），则扣休行为可能不合法。
若医院规章制度违法或未公示，考试不过扣休不合法
- 违法情形：若医院规章制度违反《劳动法》《劳动合同法》等强制性规定（如剥夺员工休息权、最低工资保障等），或未经过民主程序制定，或未向员工公示或告知，则该制度无效。医院依据无效制度扣休，属于违法行为。
- 员工权利：员工有权拒绝执行违法制度，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求医院恢复休息时间、补发工资或赔偿损失。
扣休行为需符合比例原则，否则可能不合法
- 比例原则：即使医院规章制度合法且已公示，扣休行为也需符合比例原则，即扣休的严重程度应与考试不过的后果相适应。若考试不过仅涉及轻微工作失误，而医院扣休时间过长或影响员工基本生活，则扣休行为可能因违反比例原则而被认定为不合法。
- 案例参考：实践中，法院在审理类似案件时，会综合考虑考试内容、难度、员工岗位性质、扣休时间长度等因素，判断扣休行为是否合理。
建议：
- 若您遇到此类情况，首先查看医院规章制度是否合法、是否已公示或告知您。若制度存在问题，您可向医院提出异议，要求恢复休息时间或补发工资。
- 若医院拒绝改正，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
- 在处理过程中，建议保留相关证据（如规章制度、考试通知、扣休记录等），以便在需要时提供证明。
总结：医院因考试不过扣休是否合法，需结合医院规章制度是否合法、是否公示或告知、扣休行为是否符合比例原则等因素综合判断。若您对此有疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。