核心结论：医院以未取得医师证为由扣工资的行为是否合法需分情况讨论，若您属于应当取得医师证而未取得的情形，医院扣工资可能有一定合理性但需符合法律规定；若您不属于必须立即取得医师证的情况，医院扣工资则缺乏法律依据，您可通过协商、投诉或法律途径维权。以下为详细分析：

情况一：您属于应当取得医师证才能独立从事医师工作的岗位，且医院已明确告知相关要求

根据《医师法》规定，未经医师注册取得执业证书，不得从事医师执业活动。如果您所在的岗位明确要求必须持有医师证才能独立开展诊疗工作，而您在两年内都未取得该证书，医院可能会认为您无法完全履行岗位职责。

• 扣工资的合理性边界：医院扣工资不能随意进行，需要依据其内部合法有效的规章制度。这些规章制度应当经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并且内容不违反法律法规的强制性规定。例如，规章制度中明确规定“未在规定期限内取得医师证，每月扣除一定比例的工资作为岗位能力考核不达标处罚”，且扣除的比例合理（一般不应超过您当月工资的20%），那么医院扣工资的行为在一定程度上具有合理性。
• 您的应对措施：您可以先查看医院的规章制度，了解扣工资的具体依据和标准。如果认为医院的扣除比例过高或者规章制度制定程序不合法，您可以与医院进行协商，要求医院调整扣工资的方案。如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对医院的扣工资行为进行调查和处理。

情况二：您不属于必须立即取得医师证才能开展工作，或者医院未明确要求您在两年内取得医师证

在这种情况下，医院以您没有医师证为由扣工资缺乏法律依据，属于违法行为。

• 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。医院与您签订的劳动合同中如果没有明确约定未取得医师证就要扣工资，那么医院扣工资的行为就违反了法律规定。
• 您的维权途径：
  • 协商解决：您可以先与医院进行友好协商，向医院说明您的情况，要求医院停止扣工资的行为，并补发被扣除的工资。在协商过程中，您可以提供相关的证据，如劳动合同、工资条等，以支持自己的主张。
  • 投诉举报：如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，责令医院改正违法行为，并要求医院支付被扣除的工资和相应的赔偿金。
  • 申请劳动仲裁：您还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，您需要提交仲裁申请书、相关证据等材料，仲裁委员会会根据事实和法律规定作出裁决。如果对仲裁裁决不服，您还可以向人民法院提起诉讼。