当残疾人员工不再在用工单位工作时，用工单位需要采取一系列措施来确保合规并妥善处理相关事宜。以下是一些详细的步骤和建议：

一、确认离职原因与手续

1. 确认离职原因：首先，用工单位应与残疾人员工沟通，了解其离职的具体原因，以便进行后续处理。
2. 办理离职手续：按照公司规定和劳动法要求，为残疾人员工办理离职手续，包括结算工资、福利，归还公司财物等。

二、更新残疾人用工记录

1. 记录离职信息：在公司的残疾人用工记录中，及时更新该员工的离职信息，包括离职日期、原因等。
2. 调整用工比例：根据《残疾人就业条例》的要求，用人单位应按照一定比例安排残疾人就业。因此，当残疾人员工离职后，用工单位需要重新计算并调整残疾人用工比例，确保符合当地政府规定的比例要求。

三、申报与缴纳残疾人就业保障金

1. 申报情况：根据相关规定，即使单位没有残疾人用工，也需要按时申报残疾人就业保障金。如果已安排残疾人就业，应先到单位所在地的残联或残疾人就业服务机构进行审核，再向主管税务机关申报缴纳保障金；如果未安排残疾人就业，则采取自核自缴的方式向主管税务机关申报缴纳保障金。
2. 缴纳保障金：如果用工单位未达到当地政府规定的残疾人用工比例，需要按照规定缴纳残疾人就业保障金。保障金的计算通常基于用人单位在职职工总数和年平均工资等因素。

四、考虑后续招聘与培训

1. 招聘新员工：如果用工单位需要继续保持或提高残疾人用工比例，可以考虑招聘新的残疾人员工。在招聘过程中，应确保提供适合残疾人身体状况的工种和岗位，并依法签订劳动合同或服务协议。
2. 提供培训：对于新招聘的残疾人员工或现有员工中的残疾人，用工单位应提供必要的上岗、在岗、转岗等培训，以提高其就业能力和工作技能。

五、遵守相关法律法规与政策

1. 了解政策：用工单位应密切关注当地政府关于残疾人就业的相关政策法规，确保自身行为符合规定要求。
2. 避免歧视：在招聘、晋升、评定职称等方面，用工单位应确保不歧视残疾人员工，提供平等的机会和待遇。

六、寻求专业咨询与帮助

如果用工单位在处理残疾人员工离职事宜时遇到困惑或问题，可以寻求当地残联、残疾人就业服务机构或专业律师的咨询与帮助，以确保合规并妥善处理相关事宜。

综上所述，当残疾人员工不再在用工单位工作时，用工单位需要确认离职原因与手续、更新残疾人用工记录、申报与缴纳残疾人就业保障金、考虑后续招聘与培训、遵守相关法律法规与政策，并在必要时寻求专业咨询与帮助。