结论：甲方（发包方）能否收取乙方（承包方）工作保证金，需视具体情况和合同约定而定，并非绝对可以或不可以。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权在平等、自愿的基础上协商确定合同条款，包括是否收取工作保证金。因此，如果双方在合同中明确约定了工作保证金的收取，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么甲方是有权收取的。
禁止非法收费：虽然合同自由原则允许双方约定工作保证金，但这一约定必须合法合规。如果收取工作保证金的行为违反了法律、行政法规的强制性规定，或者属于变相的非法收费，那么该约定是无效的，甲方无权收取。例如，如果工作保证金的数额过高，超出了合理范围，或者收取方式不合法，都可能构成非法收费。
二、合同约定与实际情况
合同明确约定：如果双方在合同中明确约定了工作保证金的收取条款，包括保证金的数额、支付方式、退还条件等，且该条款合法合规，那么甲方有权按照合同约定收取工作保证金。在这种情况下，乙方应当遵守合同约定，按时支付工作保证金。
合同未明确约定：如果双方在合同中没有明确约定工作保证金的收取条款，那么甲方通常无权单方面要求乙方支付工作保证金。当然，如果双方能够就工作保证金的收取达成补充协议，且该协议合法合规，那么甲方也是有权收取的。
三、实际操作建议
审查合同条款：在签订合同时，乙方应当仔细审查合同条款，特别是关于工作保证金的收取条款。如果合同中明确约定了工作保证金的收取，乙方应当评估该条款的合法性和合理性，并考虑是否接受。如果合同中没有明确约定，乙方可以与甲方协商是否收取工作保证金，并争取在合同中明确相关条款。
保留相关证据：如果甲方要求乙方支付工作保证金，乙方应当要求甲方出具书面通知或合同条款作为依据，并保留好相关证据。这样，在发生纠纷时，乙方可以凭借这些证据来维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：如果乙方对甲方收取工作保证金的行为存在疑问或争议，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况和合同约定，为乙方提供法律意见和解决方案。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份建设工程合同，合同中明确约定了乙方需要向甲方支付一定数额的工作保证金作为履约保障。在这种情况下，甲方是有权按照合同约定收取工作保证金的。但是，如果合同中没有明确约定工作保证金的收取条款，而甲方却单方面要求乙方支付工作保证金，那么乙方有权拒绝支付，并可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，工作保证金的收取往往与合同的履行情况密切相关。因此，双方在签订合同时应当充分考虑各种可能的情况，并在合同中明确约定工作保证金的收取、使用和退还等条款。这样，在发生纠纷时，双方可以依据合同约定来解决问题，减少不必要的争议和损失。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。