法官在收到当事人提交的证据等复印件时签字确认，这一做法是合法的。以下从多个角度对此进行详细分析：

一、法律程序与规定

在司法实践中，当事人向法院提交证据材料是诉讼程序中的重要环节。为了确保材料的真实性和完整性，以及确认法院已经收到这些材料，法官或法院工作人员在收到材料后进行签字确认是一种常见的做法。这种做法有助于明确双方的责任，避免后续可能出现的争议。

二、签字确认的意义

1. 证明材料已提交：法官的签字确认可以证明当事人已经按照法定程序向法院提交了相关证据材料。
2. 保障当事人权益：通过签字确认，当事人可以确保自己的材料已经被法院接收，从而保障自己的诉讼权益。
3. 便于法院管理：签字确认也有助于法院对收到的材料进行管理和归档，确保诉讼程序的顺利进行。

三、实际操作中的注意事项

1. 保留原件：虽然提交的是复印件，但当事人应妥善保管原件，以备法院需要核对或进行其他诉讼活动时使用。
2. 确认签字人员身份：在提交材料时，当事人应确认签字人员的身份，确保是法院的工作人员或法官本人，以避免材料被误收或丢失。
3. 要求出具收据：如果可能的话，当事人可以要求法院出具一份收据，明确收到材料的种类、数量以及收到时间等信息，以进一步保障自己的权益。

四、特殊情况下的处理

如果当事人对法官的签字确认有疑问或担忧，例如担心签字人员的身份真实性或签字过程的合法性等，可以采取以下措施：

1. 与法院沟通：及时与法院沟通，了解签字确认的具体情况和程序，以消除疑虑。
2. 申请复议或申诉：如果认为签字确认过程中存在违法行为或不当行为，可以向法院申请复议或申诉，要求法院进行审查和处理。