结论：在合同纠纷中，若您不认可对方提供的复印件真实性，但法院仍然认可其真实性，这一做法在符合法定程序和证据规则的前提下是合法的。不过，具体是否合法还需结合案件具体情况和法院的认定理由来判断。以下从多个角度为您详细分析：

一、法院对证据真实性的认定原则

1. 证据形式合法性：

   • 法院在认定证据真实性时，首先会审查证据的形式是否合法。复印件作为书证的一种，其形式合法性主要取决于是否符合法律规定的证据形式要求，以及是否经过合法的程序进行收集和提交。

2. 证据内容真实性：

   • 除了形式合法性外，法院还会审查证据内容是否真实。这通常涉及对证据来源、形成过程、与其他证据的关联性等方面的综合分析。对于复印件，法院可能会要求提供原件进行核对，或者通过其他证据来佐证其真实性。

3. 举证责任分配：

   • 在合同纠纷中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。若您不认可对方复印件的真实性，您需要承担举证责任，提供相反证据来证明其不真实。若您无法提供充分证据，法院可能会倾向于认可对方证据的真实性。

二、法院认可复印件真实性的可能情形

1. 对方提供了充分佐证：

   • 若对方在提交复印件的同时，提供了其他证据来佐证其真实性，如原件的保管记录、证人证言等，且这些佐证证据能够形成完整的证据链，法院可能会认可复印件的真实性。

2. 您未提出有效反驳：

   • 若您在庭审过程中未提出有效反驳证据或理由，或者您的反驳证据不足以推翻对方复印件的真实性，法院可能会基于对方提供的证据和庭审情况，认可复印件的真实性。

3. 法院依职权调查取证：

   • 在某些情况下，法院可能会依职权进行调查取证，以核实复印件的真实性。若法院通过调查取证确认了复印件的真实性，且该调查取证过程符合法定程序，那么法院认可复印件真实性的做法就是合法的。

三、您的应对策略

1. 积极举证反驳：

   • 若您不认可对方复印件的真实性，应积极收集并提交相反证据来证明其不真实。这可以包括提供原件进行核对、申请鉴定、提供证人证言等。

2. 申请法院调查取证：

   • 若您认为有必要，可以向法院申请调查取证，以核实对方复印件的真实性。法院在收到申请后，会依法进行审查并决定是否准许。

3. 关注庭审程序：

   • 在庭审过程中，您应密切关注庭审程序是否合法，特别是证据的提交、质证和认证环节。若您发现庭审程序存在违法情形，可以及时向法院提出异议并要求纠正。

建议：在处理合同纠纷时，若您对对方提供的复印件真实性存在异议，应及时咨询专业律师并制定相应的诉讼策略。同时，您也应积极收集并提交有利于自己的证据，以维护自己的合法权益。若您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。