结论：在领取了一次性就业补助金后辞职，并且与公司签了协议的情况下，是否还可以申请劳动仲裁，这主要取决于协议的具体内容以及是否存在可仲裁的争议事项。如果协议中未涵盖所有相关权益，或者存在公司未履行法定义务等情形，您仍然有权申请劳动仲裁。
分析说明：
协议内容的关键性：
- 您与公司签订的协议是判断是否可以申请劳动仲裁的重要因素。如果协议中明确规定了双方关于工伤赔偿、一次性就业补助金等所有相关权益的处置，且您已经按照协议履行了相关义务（如辞职），同时公司也履行了其义务（如支付了一次性就业补助金），那么在没有其他争议事项的情况下，您可能无法再就这些事项申请劳动仲裁。
- 然而，如果协议中存在模糊条款、遗漏重要事项，或者公司未按照协议履行其义务（如未支付约定的赔偿金），那么您仍然有权就这些争议事项申请劳动仲裁。
可仲裁的争议事项：
- 劳动仲裁通常用于解决劳动争议，包括但不限于工资支付、工伤赔偿、解除劳动合同等。即使您已经领取了一次性就业补助金并辞职，如果与公司之间存在其他劳动争议（如公司未支付加班费、未缴纳社会保险等），您仍然可以申请劳动仲裁。
法律程序的适用性：
- 劳动仲裁是一种法律程序，用于公正、高效地解决劳动争议。如果您认为自己的权益受到侵害，且符合劳动仲裁的受理条件，那么您可以向当地的劳动仲裁机构提交仲裁申请。
特殊场景：
- 如果协议中存在欺诈、胁迫等情形，导致您在违背真实意愿的情况下签订了协议，那么该协议可能被视为无效或可撤销。在这种情况下，您仍然有权就相关争议事项申请劳动仲裁。
行动建议：
- 仔细审查协议：首先，仔细审查您与公司签订的协议，了解协议中关于工伤赔偿、一次性就业补助金等所有相关权益的处置情况。
- 收集证据：如果您认为公司存在未履行法定义务或协议义务的情形，或者协议中存在欺诈、胁迫等情形，那么请尽快收集相关证据，如工资单、医疗记录、协议文本等。
- 咨询专业律师：在决定是否申请劳动仲裁之前，建议您咨询专业律师，以了解您的具体权益和可能的法律后果。我可以为您提供专业的法律咨询和帮助。
- 提交仲裁申请：如果您决定申请劳动仲裁，那么请按照当地劳动仲裁机构的要求提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
法律后果：
- 如果您成功申请劳动仲裁并获得胜诉裁决，那么公司可能需要按照裁决结果支付相应的赔偿金或履行其他义务。
- 如果您未能成功申请劳动仲裁或仲裁裁决未支持您的请求，那么您可能需要考虑其他法律途径来维护自己的权益，如提起民事诉讼等。但请注意，这可能会增加您的法律成本和时间成本。