结论：工厂实行每周工作5天，每天8小时的工时制度，在本身安排上是合法的，但若工厂以此方式规避工伤赔偿等法定义务，则可能涉及违法。以下从不同角度详细分析：
合法性基础
工时制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（实际操作中多为每周40小时）的工时制度。因此，工厂实行每周工作5天，每天8小时，总计40小时的工作时间，并未超过法定的工时上限，符合法律要求。
加班与休息休假：
- 若工厂因生产经营需要安排员工加班，必须按照法律规定支付加班费，并保障员工享有法定的休息休假权利。具体加班费支付标准如下：
- 延长工作时间（即每日超过8小时部分）的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日（周六、周日）工作且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
工伤赔偿与工时制度的关系
工伤赔偿义务：
- 工厂作为用人单位，有义务为员工缴纳工伤保险，并在员工发生工伤时，按照《工伤保险条例》的规定，为员工申请工伤认定，并承担相应的工伤赔偿责任。
- 若工厂未依法缴纳工伤保险，或未在规定时限内为员工申请工伤认定，导致员工无法享受工伤保险待遇的，工厂需承担全部赔偿责任。
工时制度与工伤赔偿的独立性：
- 工厂实行5天8小时工作制，并不影响其工伤赔偿义务的履行。无论工厂采用何种工时制度，只要员工发生工伤，工厂均需依法承担赔偿责任。
- 若工厂试图通过调整工时制度（如减少工作时间、降低工作强度等）来规避工伤赔偿义务，这种行为是违法的，且无法达到规避责任的目的。
特殊情况与建议
特殊行业或职位：
- 某些特殊行业或职位可能因工作需要而有不同的时间安排（如不定时工作制、综合计算工时工作制等）。但此类安排必须符合当地法律的具体要求，并经过劳动行政部门的审批。
- 即使采用特殊工时制度，工厂也需保障员工的合法权益，如支付加班费、提供必要的劳动保护等。
建议与沟通：
- 对于员工而言，若对工厂的工时制度或工伤赔偿政策有疑问或担忧，建议及时与工厂进行沟通，了解具体情况并寻求解决方案。
- 若工厂拒绝履行工伤赔偿义务或存在其他违法行为，员工可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：工厂实行每周工作5天，每天8小时的工时制度，在本身安排上是合法的。但工厂需严格遵守所有相关的劳动法规和规定，包括加班费支付、劳动条件保障及休息休假权利等。同时，工厂的工时制度并不影响其工伤赔偿义务的履行。若员工对工厂的工时制度或工伤赔偿政策有疑问或担忧，建议及时与工厂沟通或寻求法律帮助。