结论：工厂因自身原因安排工作日歇班、六日上班是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否违反了关于工作时间和休息休假的法律规定，以及是否保障了劳动者的合法权益。

分析：

1. 关于工作时间和休息休假的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
   • 如果工厂因自身原因（如设备故障、订单减少等）安排工作日歇班，而在周末安排上班，这种安排本身并不直接违反法律规定，但必须确保劳动者的总工作时间不超过法定标准，并且保障劳动者每周至少有一天的休息时间。

2. 关于加班和调休：

   • 如果工厂在周末安排上班属于加班，那么根据法律规定，用人单位应当支付加班费或者安排调休。加班费的具体标准根据加班的时间和劳动者的工资水平来确定。
   • 如果工厂选择安排调休，那么必须确保调休的时间合理，并且不影响劳动者的正常生活和休息。

3. 关于劳动者权益的保障：

   • 无论工厂如何安排工作时间，都必须确保劳动者的合法权益得到保障。这包括但不限于支付合理的工资、提供必要的工作条件、保障劳动者的休息权等。
   • 如果工厂的安排导致劳动者的工作时间过长、休息时间不足或者工资支付不合理，那么这种安排就是违法的，劳动者有权向相关部门投诉或者寻求法律援助。

建议：

• 对于工厂：在安排工作时间时，应充分考虑劳动者的合法权益和法律规定，确保工作时间的合理性和合法性。如果因特殊原因需要调整工作时间，应提前与劳动者协商并达成一致意见。
• 对于劳动者：如果发现工厂的工作时间安排违反了法律规定或者损害了自己的合法权益，应及时向工厂提出异议并要求改正。如果工厂不予理会或者处理不当，可以向当地劳动监察部门投诉或者寻求法律援助。

可能后果：

• 如果工厂的工作时间安排违反了法律规定，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 如果劳动者的合法权益受到损害，可以通过法律途径维护自己的权益，包括但不限于提起劳动仲裁、诉讼等。

总之，工厂因自身原因安排工作日歇班、六日上班是否合法，需根据具体情况来判断。如果有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。