离职协议中单独列出公积金一次性补偿条款是否违法需分情况讨论，具体分析如下：
若公积金补偿条款符合法定标准且程序合法，则不违法
根据《住房公积金管理条例》规定，用人单位必须依法为职工缴纳住房公积金，这是法定义务。若离职协议中的公积金补偿条款本质是对用人单位未依法缴纳公积金的补救措施（例如用人单位长期未缴，双方协商以一次性补偿替代补缴），且补偿金额不低于法定应缴金额（即按照职工工资和缴存比例计算出的应缴总额），同时双方自愿签署、无欺诈胁迫情形，则该条款具有法律效力。
需注意：此类补偿不能替代用人单位的法定缴存义务，若职工后续要求补缴，用人单位仍需配合；但若双方明确约定“一次性补偿后职工不再主张公积金权益”，且补偿金额合理，司法实践中可能认可该条款的约束力。
若公积金补偿条款违反法定标准或程序，则可能违法
- 补偿金额低于法定标准：若一次性补偿金额明显低于用人单位依法应缴的公积金总额（例如仅补偿部分月份或按低于工资的比例计算），则该条款因损害职工合法权益而无效，职工仍有权要求用人单位补缴差额。
- 以补偿替代缴存义务：若条款约定“用人单位无需再为职工缴纳公积金”，或明确排除职工未来主张公积金的权利，则违反《住房公积金管理条例》的强制性规定（用人单位必须缴存），此类条款无效，职工可向住房公积金管理中心投诉或通过法律途径主张权益。
- 存在欺诈、胁迫情形：若职工签署协议时被误导（如用人单位隐瞒未缴事实）或被迫接受不合理条款，可依据《民法典》主张撤销协议，并要求补缴公积金。
实务建议：
- 对职工而言：签署离职协议前，务必核对公积金补偿金额是否与法定应缴金额一致（可通过工资条、社保记录推算）；若用人单位长期未缴公积金，建议优先要求补缴而非接受一次性补偿，以保障长期权益。
- 对用人单位而言：公积金补偿条款需谨慎设计，避免以“补偿”替代“缴存”义务；若确需协商补偿，应确保金额合理、程序合法，并留存职工自愿签署的证据。
如有具体协议条款或纠纷场景，可进一步向我提供细节，我会结合实际情况为您分析。