单位以现金形式补偿公积金差额的行为不合法。以下从多个角度进行分析说明：

1. 公积金缴纳的强制性
   根据《住房公积金管理条例》第十三条、第二十条，用人单位必须为在职职工办理住房公积金账户设立、缴存手续，且缴存金额需符合法定比例（通常为职工工资的5%-12%）。公积金的缴纳具有强制性、专项性，必须通过公积金账户进行，不能以现金替代。单位若以现金补偿差额，实质是规避法定缴纳义务，属于违法行为。

2. 现金补偿的无效性
   即使单位与员工签订协议约定“现金补偿公积金差额”，该协议也因违反法律强制性规定而无效（《民法典》第一百五十三条）。员工后续仍可要求单位补缴公积金，且单位可能面临行政处罚（如《住房公积金管理条例》第三十七条规定的“责令限期缴存，逾期不缴可申请法院强制执行”）。

3. 员工权益保护路径
   若单位坚持现金补偿，员工可采取以下措施：

   • 向公积金管理中心投诉：要求单位补缴差额，并可能对单位处以罚款；
     
   • 申请劳动仲裁：若单位因此克扣工资或解除合同，可主张经济补偿；
     
   • 保留证据：如工资条、补偿协议、沟通记录等，作为维权依据。

4. 特殊情形说明
   若单位因经营困难申请缓缴公积金（需经公积金管理中心批准），或员工自愿放弃公积金缴纳（需书面承诺且不违反地方规定），可能存在例外。但现金补偿差额仍不被允许，单位需通过补缴或调整工资结构（如提高税前工资）等方式合规处理。

建议：若您遇到此类情况，可先与单位协商要求依法补缴；协商无果的，及时向公积金管理中心或劳动监察部门投诉。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。