结论：公司实行单休制，周二（这里理解为周末或休息日后的工作日，但核心在于周末上班的情况）若周末上班，是否需要支付加班费，主要取决于公司是否为员工安排了补休以及具体的工时制度。若未安排补休且不符合特殊工时制度规定，则通常需要支付加班费。

详细分析：

1. 法定休息时间与单休制的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。因此，公司实行单休制（即每周工作六天、休息一天）本身并不违反法律规定。但关键在于，当公司在单休的周末（即原本应休息的日子）安排员工工作时，是否遵循了加班费支付或补休的相关规定。

2. 加班费的支付条件：

   • 依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第二款，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，如果公司在单休的周末安排员工工作，且不能为员工提供补休，那么公司需要按照员工工资的二倍支付加班费。
   • 举例说明：假设员工日工资为200元，周末加班一天且未安排补休，则公司应支付加班费400元。

3. 特殊工时制度的影响：

   • 如果公司和员工在劳动合同中有明确约定，并且该约定的工时制度符合法律规定，如经劳动行政部门批准实行的不定时工作制或综合计算工时工作制，那么加班费的支付情况将有所不同。
   • 在综合计算工时工作制下，虽然某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费，通常是支付不低于工资的150%的工资报酬。

4. 实际操作中的建议：

   • 公司应明确劳动合同中的工时制度条款，确保符合法律规定，并避免因加班费问题产生纠纷。
   • 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读工时制度相关条款，了解自己的权益和义务。
   • 若公司未支付加班费或未安排补休，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结：公司实行单休制时，周末上班是否支付加班费并非一成不变，而是需要根据具体情况来判断。如果公司未能为员工提供补休，且不符合特殊工时制度的规定，那么通常需要支付加班费。同时，公司也应确保员工的总工作时间不超过法定标准，以保障员工的合法权益。在实际操作中，建议公司和员工都明确劳动合同中的相关条款，以避免因加班费问题产生不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。