正常公司不会留存员工身份证原件，仅可留存复印件且需遵循严格管理规范。以下从法律合规、公司管理、员工权益保护三个角度展开分析：

一、法律合规层面：留存原件涉嫌违法，复印件需限定用途

根据《中华人民共和国居民身份证法》第十六条，任何组织或个人不得扣押居民身份证，但公安机关依法执行职务或金融机构验证客户身份的情形除外。公司若以“回扣”“押金”等名义留存员工身份证原件，属于典型的违法行为，员工有权拒绝并可向劳动监察部门举报（举报电话12333）。
若公司需留存身份证复印件，则需遵循《个人信息保护法》第十三条，仅可在“为订立、履行个人作为一方当事人的合同所必需”的范围内处理，且需明确告知员工处理目的、方式及保留期限，并取得书面同意。例如，办理入职手续、缴纳社保等场景可留存复印件，但需加盖“与原件一致”章并标注用途。

二、公司管理层面：留存原件无实际必要，复印件管理需规范

从公司运营角度，留存身份证原件既无必要也存在风险：

1. 无实际用途：公司办理业务（如开户、签订合同）通常只需复印件或通过“国家企业信用信息公示系统”核验身份，原件留存无额外价值；
   
2. 管理成本高：原件需专人保管、建立台账，且遗失或泄露需承担法律责任（如《个人信息保护法》第六十六条规定的罚款及赔偿责任）；
   
3. 员工抵触情绪：留存原件易引发员工对“被控制”“不信任”的负面感知，影响团队凝聚力。
   建议：公司应通过制度明确“仅留存复印件”，并采用加密存储、定期销毁等措施保护员工信息。

三、员工权益保护层面：遇非法留存可采取以下措施

若公司强行留存身份证原件，员工可：

1. 口头拒绝：明确告知公司“留存原件违法”，要求返还；
   
2. 书面投诉：向当地劳动监察大队提交《投诉书》（需包含公司名称、留存时间、证人联系方式等），要求查处违法行为；
   
3. 劳动仲裁：若公司以不返还原件为由拒绝发放工资、解除合同，可申请劳动仲裁，主张返还原件并赔偿损失（如误工费、交通费等）；
   
4. 刑事报案：若公司将身份证用于非法活动（如冒名贷款、注册空壳公司），员工可向公安机关报案，追究公司及相关责任人刑事责任（如《刑法》第二百八十条之一的“使用虚假身份证件罪”）。

总结：公司留存身份证原件属违法行为，员工有权拒绝并维权；留存复印件需严格遵循法律程序。若遇相关纠纷，可直接向我咨询具体应对方案。