结论：老板将九小时工作制改为十二小时工作制是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，未经劳动者同意且未依法支付加班费或安排补休的，该行为不合法。

分析说明：

1. 工作时间规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 在您描述的情况下，老板将九小时工作制改为十二小时工作制，显然超出了法定的一般工作时间限制，且若未经过与工会和劳动者的协商，也未获得相关部门的批准，该行为很可能违反了劳动法的规定。

2. 加班费与补休：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 若老板要求员工工作十二小时，但未依法支付加班费或安排补休，则该行为不仅违反了工作时间的规定，还违反了加班费支付的规定。

3. 劳动者权益保护：

   • 劳动者有权拒绝用人单位的违法安排，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 若因用人单位的违法行为导致劳动者权益受损，劳动者还有权要求用人单位承担相应的赔偿责任。

行动建议：

• 与老板协商：首先，您可以尝试与老板沟通，了解其改变工作时间的具体原因，并表达自己的关切和诉求。在协商过程中，您可以引用上述法律规定，要求老板依法行事。
• 收集证据：若协商无果，您应开始收集相关证据，如工作记录、工资条、加班通知等，以证明老板存在违法行为。
• 投诉或申请劳动仲裁：在收集到足够证据后，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并支付相应的加班费或赔偿。

后续思考：

• 在处理此类问题时，劳动者应充分了解自己的权益和法律规定，以便在遭遇违法行为时能够及时采取措施维护自己的权益。
• 用人单位也应严格遵守劳动法律法规，合理安排工作时间和支付加班费，以维护劳动关系的和谐稳定。

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