结论前置：交通事故中司机负同等责任，单位扣司机钱是否合法不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、单位与司机之间的法律关系
劳动关系：
- 若司机为单位员工，双方存在劳动关系，单位扣钱的行为需受《劳动合同法》等劳动法律法规的约束。
- 根据《劳动合同法》及相关规定，单位不得随意扣除员工工资，除非因员工本人原因给单位造成经济损失，且单位需按照劳动合同的约定或依法制定的规章制度，从员工工资中扣除赔偿费用。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 分析：若交通事故是因司机故意或重大过失造成，且单位因此遭受经济损失，单位在符合上述条件下可以扣除司机部分工资作为赔偿。但若司机仅负同等责任，且非故意或重大过失，单位扣钱则可能缺乏法律依据。
劳务关系或承揽关系：
- 若司机与单位之间为劳务关系或承揽关系，双方的权利义务则主要依据双方签订的合同或协议来确定。
- 分析：在此情况下，若合同或协议中明确约定了司机在交通事故中负同等责任时需承担的经济责任，单位扣钱则可能合法。但若合同或协议中无此约定，单位扣钱则可能构成违约或侵权。
二、交通事故责任与经济损失的承担
交通事故责任：
- 交通事故责任认定是公安机关交通管理部门根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，对交通事故的基本事实、成因和当事人的责任作出的具体认定。
- 分析：同等责任意味着司机与另一方在交通事故中承担相同的责任，但这并不直接决定单位是否可以扣钱。单位扣钱需基于司机与单位之间的法律关系以及合同或协议的约定。
经济损失的承担：
- 在交通事故中，因司机过错造成单位经济损失的，司机应承担相应的赔偿责任。但赔偿的范围和方式需根据具体情况和法律规定来确定。
- 分析：若单位因司机负同等责任的交通事故遭受经济损失，且该损失与司机的过错有直接因果关系，单位可以要求司机承担相应的赔偿责任。但赔偿的方式和金额需符合法律规定和合同约定，不能随意扣钱。
三、建议与措施
审查合同或协议：
- 司机应首先审查与单位签订的合同或协议，了解其中关于交通事故责任和经济损失承担的约定。
与单位协商：
- 若单位扣钱缺乏法律依据或合同约定，司机可以与单位进行协商，要求单位停止扣钱行为并恢复工资。
寻求法律援助：
- 若协商无果，司机可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
总结：交通事故中司机负同等责任时，单位扣司机钱是否合法需根据具体情况判断。司机应首先审查与单位之间的法律关系以及合同或协议的约定，然后与单位进行协商或寻求法律援助来维护自己的合法权益。若您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。