关于自动离职后劳动合同如何生效（或更准确地说，如何处理）的问题，这实际上涉及到员工和用人单位双方在劳动合同解除过程中的权益与义务。以下是从员工和用人单位两个角度，结合法律法规，给出的详细解答：
员工角度
确认合同解除的合法性：
- 自动离职并不意味着劳动合同自动解除。按照法律规定，员工若希望解除劳动合同，应提前三十日（试用期提前三日）以书面形式通知用人单位。若未遵循此流程，员工需了解自身行为可能带来的法律后果，如被视为违法解除劳动合同，可能需要承担违约责任或赔偿用人单位损失。
获取离职证明：
- 无论劳动合同如何解除，员工都有权要求用人单位出具离职证明。离职证明是证明员工与用人单位劳动关系终止的重要文件，应包含劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位及工作年限等信息，对员工未来就业、社保转移等至关重要。
关注社保和档案转移：
- 员工应确保用人单位及时办理社保减员手续，避免社保断缴影响自身权益。同时，确认个人档案的去向和状态，确保能够顺利转移至新接收单位或机构。
妥善处置合同文本：
- 劳动合同解除或终止后，员工手中的合同文本可自行处置，但建议妥善保管，以备不时之需，如未来可能出现的劳动争议或法律纠纷。
用人单位角度
核实自动离职事实：
- 发现员工自动离职后，用人单位应尽快通过内部沟通渠道、联系员工本人及其紧急联系人等方式核实情况，确认员工是否确实已离职且未履行正常离职手续。
履行通知程序：
- 按照公司规章制度和法律要求，用人单位应向员工发出催告通知，要求其限期返回上班或办理离职手续，并明确告知逾期不处理的后果。通知应通过多种有效方式送达，如邮件、短信、电话等，并保留好送达凭证。
依规解除合同：
- 若员工在规定期限内未回应或明确表示不再继续工作，用人单位可依据劳动合同法和公司规章制度作出解除劳动合同的决定。解除合同的通知应采用书面形式，详细说明原因、依据及解除日期，并依法送达员工本人。
办理后续手续：
- 用人单位应及时办理社保减员、公积金封存等手续，避免不必要费用支出。同时，整理员工人事档案，按规定妥善保管或转移。如员工需要，应依法为其出具离职证明。
考虑赔偿责任：
- 若员工违法离职给用人单位造成损失，用人单位可要求其承担赔偿责任，包括但不限于招录费用、培训费用及直接经济损失等。这要求用人单位在解除合同后，对损失进行合理评估，并保留好相关证据。
共同注意事项
- 协商与沟通：在自动离职问题上，双方应尽可能进行协商与沟通，以和平解决争议。这有助于减少不必要的法律纠纷和成本支出。
- 法律途径：如就劳动合同解除、经济补偿、工资结算等问题产生争议，双方可通过协商、劳动仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议过程中，双方应遵守法律法规，尊重对方权益。
- 离职证明的重要性：双方应重视离职证明的出具与保管。正规企业在招聘时通常会要求劳动者提供离职证明等材料，以确认其与前用人单位的劳动关系已终止。
综上所述，自动离职后劳动合同的处理需要员工和用人单位双方共同配合完成。双方应遵循法律法规的规定，维护自身合法权益的同时，也避免给对方造成不必要的损害。