农业灌溉收取水费在合法合规的情况下是合理且合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与政策支持
《中华人民共和国水法》：
- 该法明确规定，使用水工程供应的水，应当按照国家规定向供水单位缴纳水费。农田灌溉用水实行总量控制和定额管理相结合的制度，合理确定水价，实行有偿使用和计量收费。这为农业灌溉用水收费提供了直接的法律依据。
《取水许可和水资源费征收管理条例》：
- 条例中规定，取用供水工程的水从事农业生产的，由取水单位或者个人向供水单位缴纳水费，由供水单位统一缴纳水资源费。这进一步明确了农业灌溉用水收费的合法性和收费主体。
《国务院办公厅关于推进农业水价综合改革的意见》：
- 意见中强调，要建立健全农业水价形成机制，分级制定农业水价，鼓励实行分类水价和季节水价，确保农业用水价格总体达到运行维护成本水平。这体现了国家对农业灌溉用水收费政策的支持和引导。
二、收费标准与实施细则
全国性指导原则：
- 各地根据国家法律法规和政策，结合实际情况制定具体的农业灌溉用水收费标准。这些标准通常考虑供水成本、水资源稀缺性、农民承受能力等因素，确保水价合理且能反映供水成本。
地方性文件实例：
- 例如，《山东省关于全面推行农业用水计量水价有关事项的通知》明确了粮食作物与经济作物的不同水价核定原则，以及分档水价的实施以促进节水。这体现了地方在农业灌溉用水收费方面的具体实践和探索。
三、合法性的判断依据
政策与法律依据：
- 农村收取农业灌溉水费是否合法，首先取决于当地是否有合法的收费依据，即是否依据国家法律法规和政策制定了具体的收费标准。
程序合规性：
- 即使存在合法的收费政策，收费过程中也必须遵循规定的程序，如进行收费公示、使用合法票据等。这是确保收费行为合法合规的重要环节。
特定情形的合法性：
- 对于直接从江河、湖泊或地下取用水资源用于农田灌溉的单位和个人，若取水量较大，则必须申请取水许可证并缴纳水资源费。这是国家对水资源进行管理和保护的重要手段，也是农业灌溉用水收费合法性的重要依据。
四、不合法的情况及后果
无收费依据：
- 若当地未出台相关收费政策或文件，或收费主体未获得合法授权擅自收费，则此行为不合法。农民有权拒绝缴纳此类费用，并可向相关部门投诉举报。
程序违规：
- 即使存在收费政策，但未按程序执行（如未公示、未使用合法票据）也视为不合法收费。农民同样有权拒绝缴纳，并可要求收费单位出示合法依据。
非法取水的后果：
- 对于未经许可擅自取水用于农业灌溉的行为，水行政主管部门有权责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以罚款。情节严重的，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
五、建议与指导
了解当地政策：
- 农民在面临农业灌溉用水收费问题时，应首先了解当地的具体政策和收费标准。这可以通过咨询当地水利部门、发展和改革部门或村委会等机构获取。
关注节水技术：
- 农民可以积极关注并应用节水技术，如滴灌、喷灌等高效节水灌溉方式，以降低用水成本和环境负担。同时，也可以关注政府补贴政策，以获取更多的支持和帮助。
维护合法权益：
- 若农民认为收费行为不合法或存在争议，可以积极向相关部门投诉举报或寻求法律援助。在维护自身合法权益的同时，也有助于促进农业灌溉用水收费的合法合规和公平公正。
综上所述，农业灌溉收取水费在合法合规的情况下是合理且合法的。农民在面临此类问题时，应了解当地政策、关注节水技术并积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。