工程竣工验收申请提交后，甲方没有组织验收，并不直接默认验收合格。这一结论主要基于以下几点法律分析和实务操作考虑：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，通常会明确约定验收的程序、时间、条件以及未按时验收的后果。如果合同中有明确规定甲方在收到竣工验收申请后的一定期限内必须组织验收，否则视为验收合格或承担相应责任，那么应依据合同约定执行。
   • 实务建议：首先查阅建设工程合同中的相关条款，了解双方对于验收的具体约定。

2. 法定验收程序：

   • 根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，建设工程竣工后，建设单位（甲方）应当组织施工、设计、监理等有关单位进行竣工验收。但法律并未直接规定甲方未组织验收即视为验收合格。
   • 实务操作：若合同未明确约定或约定不明，应参照法定验收程序进行。乙方（施工单位）可以书面催告甲方组织验收，并保留好催告证据。

3. 未验收的后果：

   • 甲方未按时组织验收，并不直接导致工程被视为验收合格。但乙方可以依据合同或法律，要求甲方承担因未验收而产生的责任，如支付工程款、赔偿损失等。
   • 法律风险：若工程存在质量问题，甲方未组织验收可能使其在后续使用中面临更大的法律风险和经济损失。

4. 实务中的处理方式：

   • 在实务中，若甲方未按时组织验收，乙方通常会采取书面催告、保留证据、与甲方协商等措施，以维护自身权益。
   • 案例参考：类似情况下，法院或仲裁机构可能会根据合同约定、实际履行情况、双方过错程度等因素，综合判断甲方未组织验收的责任，并作出相应裁决。

5. 建议措施：

   • 乙方：在提交竣工验收申请后，应密切关注甲方的验收动态，及时书面催告甲方组织验收，并保留好相关证据。若甲方长期未组织验收，可考虑通过法律途径维护自身权益。
   • 甲方：应严格按照合同和法律规定组织验收，避免因未验收而产生的法律风险和经济损失。若因特殊原因无法按时组织验收，应及时与乙方沟通并说明情况。

总结来说，工程竣工验收申请提交后，甲方没有组织验收并不直接默认验收合格。双方应依据合同约定和法律规定，妥善处理验收事宜，以维护各自权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。