若建设单位在工程完工后未组织竣工验收，施工单位可采取以下措施维护自身权益：

1. 书面催告建设单位履行验收义务
   根据《民法典》第511条及《建设工程质量管理条例》第16条，竣工验收是建设单位的法定义务。施工单位应首先通过律师函或正式书面文件，明确要求建设单位在合理期限内（如15-30日）组织验收，并保留送达证据（如EMS签收记录、电子邮件截图）。若建设单位仍不履行，可进一步主张其构成违约。

2. 向行政主管部门投诉或申请调解
   依据《建设工程质量管理条例》第58条，建设单位未组织验收擅自使用的，可被处以工程合同价款2%-4%的罚款。施工单位可向当地住建部门举报，通过行政压力推动验收程序启动。同时，可申请建设行政主管部门或行业协会主持调解，形成书面调解协议作为后续维权依据。

3. 主张工程款支付及违约责任

   • 已交付使用的工程：若建设单位已实际使用工程，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第9条，施工单位可主张自转移占有之日起视为竣工验收合格，并要求支付工程款及逾期利息。
     
   • 未交付使用的工程：若工程未交付且未验收，施工单位可依据《民法典》第577条，以建设单位违约为由要求其承担继续履行（组织验收）、赔偿损失（如窝工费、材料保管费）等责任。

4. 通过诉讼或仲裁确认工程状态及责任
   若协商、调解无果，施工单位可向法院起诉或依据合同约定申请仲裁，请求：

   • 判令建设单位限期组织验收；
     
   • 确认工程已符合验收条件（可通过司法鉴定证明）；
     
   • 要求支付工程款、违约金及赔偿损失（如因延迟验收导致的融资成本增加）。
     关键证据：施工合同、竣工报告、监理评估报告、往来函件、现场照片等。

5. 防范建设单位反诉质量不合格的风险
   若建设单位以质量不合格为由拒绝验收，施工单位需提前准备：

   • 分部分项工程验收记录；
     
   • 隐蔽工程验收资料；
     
   • 材料检测报告；
     
   • 监理单位出具的工程质量评估报告。
     若证据充分，可反诉建设单位滥用权利，要求其承担恶意拒验的法律责任。

风险提示：

• 施工单位应避免自行组织验收或单方面委托检测，否则可能被认定为“自认质量合格”，丧失后续维权主动权。
  
• 若工程存在未完工或严重质量问题，需优先整改至符合验收条件，再主张权利。
  

建议行动步骤：

1. 立即整理全套施工资料及验收催告文件；
   
2. 委托律师向建设单位发送《关于限期组织竣工验收的律师函》；
   
3. 同时向当地住建部门提交《工程质量监督投诉书》；
   
4. 根据建设单位反应，决定是否启动诉讼/仲裁程序。
   

如有具体合同条款或证据材料，可进一步分析制定针对性策略。