施工单位未按图施工但已通过竣工验收，建设单位仍可依法追究其责任。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律责任角度
违约责任：
- 施工单位与建设单位之间通常存在施工合同关系。根据《民法典》的相关规定，施工单位有义务按照合同约定（包括施工图纸）进行施工。若施工单位未按图施工，即构成违约，建设单位有权要求其承担违约责任，包括但不限于修复、返工、赔偿损失等。
行政责任：
- 若施工单位未按图施工的行为违反了相关建筑法规或规章，建设行政主管部门有权对其进行行政处罚，如罚款、责令停工整改、吊销资质证书等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果施工单位未按图施工导致严重后果（如建筑物倒塌、人员伤亡等），且施工单位存在故意或重大过失，相关责任人员可能构成犯罪，需承担刑事责任。
二、竣工验收角度
竣工验收的效力：
- 竣工验收是建设单位对施工单位完成工程质量的确认过程。然而，竣工验收并不意味着施工单位可以免除其未按图施工的责任。如果建设单位在验收时未发现或未指出施工单位未按图施工的问题，这并不影响建设单位事后依法追究施工单位的责任。
验收瑕疵的处理：
- 如果建设单位在验收过程中发现施工单位未按图施工，但出于某种原因（如工期紧迫、损失较小等）仍决定通过验收，建设单位应在验收文件中明确记载相关问题，并保留追究施工单位责任的权利。事后，建设单位仍可依据合同和相关法律法规要求施工单位承担相应责任。
三、实务操作建议
收集证据：
- 建设单位应收集并保存与施工单位未按图施工相关的所有证据，包括但不限于施工图纸、变更通知、现场照片、监理报告等。这些证据将在后续追究施工单位责任时发挥关键作用。
协商与调解：
- 在发现施工单位未按图施工后，建设单位可首先尝试与施工单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可考虑通过调解、仲裁或诉讼等途径解决争议。
及时主张权利：
- 建设单位应在发现施工单位未按图施工后及时主张权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。同时，建设单位也应关注相关法律法规和合同约定的权利行使期限，确保在法定期限内行使权利。
总结与进一步思考：施工单位未按图施工但已通过竣工验收，并不意味着其可以免除责任。建设单位应依法追究施工单位的违约责任、行政责任甚至刑事责任（如适用）。在实务操作中，建设单位应收集证据、协商调解并及时主张权利，以维护自身合法权益。如果您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。