结论：医生离职后，原单位想要回医生的全科证是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若全科证属于医生个人资质证书，原单位无权要求返还；若该证书系原单位出资培训并约定服务期及违约责任，则可能需按约定处理，但直接要回证书仍不合理。以下从不同角度详细分析：
一、全科证的性质与归属
个人资质证书：全科证作为医生的专业资质证明，通常属于医生个人所有，是其从事医疗工作的基本条件。这类证书的取得往往基于医生个人的学习、考试和努力，与原单位无直接关联。因此，在一般情况下，原单位无权要求离职医生返还全科证。
单位出资培训取得的证书：如果全科证是原单位出资培训医生后取得的，且双方在培训协议中明确约定了服务期及违约责任，那么医生在离职时可能需要按照协议约定承担一定的违约责任。但即便如此，原单位也无权直接要求返还证书，而是可以通过法律途径追究医生的违约责任，如要求赔偿培训费用等。
二、原单位要求返还证书的合理性分析
无合法依据：除非双方有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则原单位要求返还全科证缺乏合法依据。医生作为劳动者，享有劳动法规定的各项权利，包括离职后保留个人资质证书的权利。
可能侵犯医生权益：要求返还全科证可能侵犯医生的合法权益，影响其后续的职业发展。医生在离职后，仍需要凭借全科证等资质证书从事医疗工作，原单位的要求可能对其造成不必要的困扰和损失。
三、建议与措施
协商解决：建议医生与原单位进行友好协商，明确双方的权利和义务。如果原单位坚持要求返还证书，医生可以要求原单位提供合理的依据和补偿方案。
法律途径：如果协商无果，医生可以考虑通过法律途径维护自己的权益。可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求确认原单位要求返还证书的行为无效，并赔偿因此造成的损失。
保留证据：在处理此类纠纷时，医生应注意保留相关证据，如培训协议、证书原件、离职证明等，以便在需要时证明自己的权益。
最后，医生在离职后应妥善保管自己的全科证等资质证书，避免不必要的纠纷。如果遇到原单位要求返还证书的情况，不要慌张，可以根据上述分析采取相应的措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。