结论前置：公司发的基本工资计算通常基于劳动合同或公司规章制度，而加班和请假工资的扣除则需根据具体情况和相关法律法规来确定。以下是对这些问题的详细解答：
基本工资的计算
基本工资通常是员工在正常工作时间内应得的固定报酬，其计算方式一般会在劳动合同中明确约定。如果劳动合同中没有具体约定，那么公司可能会根据自身的规章制度、行业惯例或地区标准来确定基本工资。基本工资的计算通常不会涉及加班或请假的情况，它是员工在正常出勤情况下的固定收入。
加班工资的计算
加班工资的计算需严格遵循《中华人民共和国劳动法》的相关规定。具体计算方式如下：
平日加班（延长工作时间）：
- 支付不低于工资的150%的工资报酬。
- 计算公式：\(加班工资 = 月工资基数 \div 21.75 \div 8 \times 加班小时数 \times 150\%\)
- 其中，21.75为月计薪天数，8为每日标准工作小时数。月工资基数通常指正常工作时间工资，不包括加班费、伙食补助等。
周末加班：
- 原则上应安排补休；不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。
- 计算公式：\(加班工资 = 月工资基数 \div 21.75 \div 8 \times 加班小时数 \times 200\%\)
法定节假日加班：
- 支付不低于工资的300%的工资报酬，不能以补休代替。
- 计算公式：\(加班工资 = 月工资基数 \div 21.75 \div 8 \times 加班小时数 \times 300\%\)
请假工资的扣除
请假工资的扣除也需根据请假类型和相关法律法规来确定：
病假：
- 病假期间用人单位应支付病假工资，但不得低于当地最低工资标准的80%。
- 常见计算方式：依据工龄分段计发，如工龄不满2年按60%计发，满2年不满4年按70%计发，以此类推。具体比例可能因地区和公司政策而异。
事假：
- 事假期间用人单位通常不支付工资。
- 常见计算方式：事假每天的扣薪标准是月基本工资除以21.75天。例如，如果月基本工资是5000元，那么事假一天的扣薪就是\(5000 \div 21.75 \approx 229.89\)元。
年假、探亲假、婚丧假、产假等法定带薪假期：
- 这些假期期间，用人单位应按正常工作时间工资支付报酬。
- 计算方式：与正常出勤时的工资计算方式相同，即\(月工资基数 \div 21.75 \times 出勤天数\)（这里的出勤天数需根据假期天数和实际出勤情况来调整）。
注意事项与建议
- 合同与规章制度：员工应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解基本工资、加班工资和请假工资的具体计算方式。
- 沟通与确认：如有疑问或不确定的地方，应及时与公司人力资源部门或上级沟通确认，以避免不必要的纠纷。
- 保留证据：员工应保留好与工资计算相关的证据，如工资条、加班记录、请假条等，以备不时之需。
作为刘韵律师，我建议你在遇到具体问题时，结合上述公式和实际情况进行计算，并咨询公司相关部门以获取准确信息。如果你在计算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。