结论：工作实行12小时制，单位是需要单独支付加班费的，这种行为若未支付则违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律规定的工作时间与加班费支付标准
标准工作时间：根据《劳动法》，标准的工作时间应为每日不超过8小时，若因特殊原因需延长工作时间，在保障劳动者身体健康的条件下，延长的工作时间每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。因此，12小时的工作制明显超出了法定标准工作时间。
加班费支付标准：
- 工作日加班：若12小时工作制中包含了超出8小时的部分，这部分应视为工作日加班，单位应支付不低于本人小时工资标准的150%作为加班费。
- 休息日与法定节假日加班：如果12小时的工作制还涉及到了休息日或法定节假日，且单位不能安排补休的，那么应支付更高的加班费，即休息日不低于本人日或小时工资标准的200%，法定节假日不低于本人日或小时工资标准的300%。
二、加班费的计算方式
假设你的月工资为W元，小时工资为H元（H=W/21.75/8，其中21.75为月计薪天数），那么：
- 工作日加班费：若每天加班4小时（12小时-8小时），则每天的加班费为4H * 150% = 6H元。
- 休息日加班费：若休息日工作12小时且不能安排补休，则加班费为12H * 200% = 24H元。
- 法定节假日加班费：若法定节假日工作12小时，则加班费为12H * 300% = 36H元。
三、权益维护与救济措施
收集证据：
- 考勤记录（如打卡记录、电子考勤等）是证明工作时长的关键证据。若无正规考勤系统，可自行记录上下班时间。
- 工作记录（如工作邮件、任务安排记录等）可间接证明加班事实。
- 工资条或工资转账记录用于确定正常工资水平，以便计算加班费。
与单位协商：
- 首先尝试与上级领导或人力资源部门友好沟通，明确提出支付加班费的合理要求，并保持冷静和理性。
- 可提出合理的解决方案，如支付加班费或以调休方式弥补加班时间，并形成书面协议以确保双方权益。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，提交证据材料并详细说明单位的违法行为。
- 劳动监察部门将进行调查，一旦查实，有权责令单位限期支付加班费，并可对单位处以罚款等处罚。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若投诉后问题仍未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交仲裁申请书及相关证据材料。
- 仲裁委员会将安排开庭审理，并根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。如对仲裁结果不满意，可在规定期限内向法院提起诉讼。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定了加班费的支付标准，即安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
综上所述，工作实行12小时制，单位是需要单独支付加班费的。若单位未支付，你有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。