当公司与劳动者协商解除劳动合同，但员工不同意时，我们需要依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，结合实际情况来妥善处理这一问题。以下是我为您提供的详细处理指南：

一、明确立场与沟通协商

1. 员工应明确态度：首先，员工应明确且坚定地告知公司自己不同意解除劳动合同的态度，并询问公司提出解除的具体原因。

2. 双方积极沟通：公司应与员工进行充分沟通，了解其诉求和意见，同时员工也可以提出自己的看法和建议。双方应积极探讨可能的替代方案，如内部转岗、调整工作职责等，以继续维持劳动关系并满足业务需求。

二、分析解除行为的合法性

1. 法定解除事由：

   • 公司若因法定事由（如员工严重违反规章制度、失职造成重大损害等）提出解除，则无需征得员工同意，但需说明理由并提供充分证据。
   • 若无法定事由，公司不得随意解除劳动合同。例如，女职工在孕期、产期、哺乳期，或因工负伤丧失劳动能力等情况，公司不得解除劳动合同。

2. 违法解除的后果：

   • 若公司无合法理由强行解除劳动合同，属于违法解除。员工有权要求继续履行劳动合同；若不能继续履行或员工不要求继续履行的，公司需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。

3. 合法解除的程序要求：

   • 即使存在法定解除情形，公司也需提前三十日以书面形式通知员工或额外支付一个月工资，并依法支付经济补偿。

三、员工应对策略与证据收集

1. 了解自身权益：员工应了解自己的合法权益，包括劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止等方面的规定。

2. 收集相关证据：若员工认为公司的解除行为违法，应收集劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、沟通录音录像等相关证据，以备后续维权之需。

四、寻求外部帮助与法律救济

1. 向劳动监察部门投诉：若与公司沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，要求其监督检查并责令公司改正违法行为。

2. 申请劳动仲裁：

   • 员工可在规定时效内（一般为一年）向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交仲裁申请书及相关证据。
   • 仲裁委员会将安排庭审，员工需陈述事实、出示证据，并对公司的观点和证据进行质证和反驳。
   • 仲裁委员会将根据双方提供的证据和庭审情况作出裁决。

3. 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，员工可在规定期限内（一般为收到仲裁裁决书之日起十五日内）向人民法院提起诉讼，由法院进行审理并作出判决。

五、注意事项

• 保持冷静与理性：在处理劳动争议时，双方应保持冷静与理性，避免情绪化行为导致矛盾升级。
• 遵守法律法规：公司在处理劳动争议时应遵守法律法规的规定，确保程序的合法性和公正性。
• 关注员工权益保护：公司应关注员工的合法权益保护问题，避免引发不必要的法律风险和纠纷。

综上所述，当公司与劳动者协商解除劳动合同但员工不同意时，双方应通过沟通协商寻求解决方案，并仔细分析解除行为的合法性。若认为权益受到侵害，员工可依法向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁乃至提起诉讼来维护自己的合法权益。