员工在公司行政复议推翻工伤认定后，仍然可以申请工伤认定，但需注意申请时效和程序要求。以下从不同角度为你详细分析：

一、行政复议推翻工伤认定后的法律救济途径

1. 重新申请工伤认定
   根据《工伤保险条例》及相关规定，若公司通过行政复议推翻了原工伤认定决定，员工有权在收到复议决定书后，15日内向人民法院提起行政诉讼，或在复议决定生效后，重新向社会保险行政部门提出工伤认定申请（需符合法定条件）。
   关键点：行政复议并非终局决定，员工仍可通过法律程序争取权益。

2. 申请行政诉讼
   若员工对行政复议结果不服，可直接向法院起诉，要求撤销复议决定并责令重新作出工伤认定。法院将审查复议程序的合法性、事实认定是否准确等。
   示例：若复议机关以“证据不足”为由撤销原认定，但员工能提供新证据（如监控录像、证人证言），法院可能支持其诉求。

二、重新申请工伤认定的条件与程序

1. 申请时效
   员工需在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出申请（特殊情况可延长）。若行政复议程序耗时较长，需确保重新申请时未超时效。
   计算公式：

   最终申请期限 = 事故发生日 + 1年 - 行政复议耗时（若复议程序合法）
   

2. 申请材料
   需提交以下材料：

   • 工伤认定申请表；
     
   • 劳动关系证明（如劳动合同、工资记录）；
     
   • 医疗诊断证明或职业病诊断鉴定书；
     
   • 行政复议决定书（证明原认定被推翻）；
     
   • 其他证据（如事故现场照片、证人联系方式）。

3. 社会保险行政部门的审查
   行政部门将重新调查事实，结合新证据作出认定。若员工能补充关键证据（如证明伤害与工作相关），认定成功的概率会提高。

三、可能面临的法律后果与建议

1. 若重新认定成功
   员工可依法享受工伤保险待遇（如医疗费、伤残补助金、停工留薪期工资等），公司需承担相应赔偿责任。

2. 若重新认定失败

   • 员工仍可通过民事诉讼主张人身损害赔偿（需证明公司存在过错，如未提供安全劳动条件）；
     
   • 若涉及第三方侵权（如交通事故导致工伤），可同时主张工伤赔偿和侵权赔偿（但医疗费等实际支出部分不可重复获赔）。

3. 实务建议

   • 及时取证：在行政复议或诉讼阶段，务必收集并固定证据（如工作记录、事故现场痕迹）；
     
   • 咨询专业律师：工伤认定程序复杂，涉及时效计算、证据规则等细节，建议委托律师协助处理；
     
   • 关注公司动态：若公司存在故意拖延或伪造证据行为，可向劳动监察部门举报。

总结：行政复议推翻工伤认定并非终点，员工仍可通过行政诉讼或重新申请认定维护权益。关键在于把握时效、完善证据，并灵活运用法律程序。如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会为你制定详细应对方案。