关于农电工1990年上班而1999年不算工龄的问题，可能存在以下几种情况：
工龄认定依据问题：
- 工龄的认定通常依据的是员工的实际工作年限以及相关的社保缴纳记录、劳动合同等文件。如果1990年至1999年期间，该农电工的社保缴纳记录不完整或者没有签订正式的劳动合同，那么这段期间可能无法被认定为工龄。
- 另外，如果在这段时间内，该农电工的工作性质发生了变化，比如从正式员工转为临时工或者合同工，且这种转变没有得到相关部门的正式认可或记录，也可能导致工龄无法连续计算。
政策变动或特殊规定：
- 在某些特定时期或地区，可能存在关于工龄认定的特殊政策或规定。例如，某些地区可能规定，只有满足一定条件（如连续缴纳社保、签订正式劳动合同等）的工作年限才能被认定为工龄。
- 如果该农电工在1990年至1999年期间的工作不符合这些特殊政策或规定的要求，那么这段期间的工作年限可能无法被计入工龄。
档案记录缺失或错误：
- 工龄的认定还依赖于员工的个人档案记录。如果该农电工的个人档案中缺失了1990年至1999年期间的工作记录，或者记录存在错误，那么这段期间的工作年限可能无法被准确认定。
- 在这种情况下，该农电工需要向相关部门提供证明材料，如工作证、工资单、同事证言等，以证明自己在这段时间内确实在工作，并尝试补正档案记录。
针对以上情况，我建议该农电工采取以下措施：
- 查询相关政策：首先，该农电工需要查询当地关于工龄认定的相关政策或规定，了解自己是否符合工龄认定的条件。
- 收集证明材料：如果认为自己的工龄被错误计算或遗漏，该农电工需要收集相关证明材料，如工作证、工资单、劳动合同、社保缴纳记录等，以证明自己在这段时间内确实在工作。
- 咨询相关部门：该农电工可以向当地的人力资源和社会保障部门或相关单位咨询，了解自己的工龄认定情况，并尝试补正档案记录或申请重新认定工龄。
如果经过以上步骤仍然无法解决问题，该农电工可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求确认自己的工龄并享受相应的福利待遇。
最后，我需要强调的是，工龄的认定是一个复杂而具体的问题，需要综合考虑多种因素。如果该农电工对自己的工龄认定有疑问或不满，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。