结论前置：工资分为基础工资和绩效工资，加班费根据基础工资计算是否合法，需分情况讨论。

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 合法情况：如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了加班费的计算基数为基础工资，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），那么按照基础工资计算加班费是合法的。这是因为劳动合同和规章制度是劳动者与用人单位之间约定权利义务的重要文件，双方应当遵守。
   • 建议：尽管如此，从保护劳动者权益的角度出发，建议劳动者在签订劳动合同时，仔细审查关于加班费计算基数的条款，确保自己的权益不受损害。如果认为条款不合理，可以与用人单位协商修改，或者寻求法律援助。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定：

   • 可能不合法情况：如果劳动合同或规章制度中没有明确规定加班费的计算基数，那么根据《劳动法》和相关规定，加班费通常应当按照劳动者正常工作时间工资的一定比例来计算。这里的“正常工作时间工资”一般指的是劳动者在正常工作时间内提供的劳动所应得的报酬，通常应包括基本工资和绩效工资等固定组成部分（除非绩效工资与工作成果直接挂钩且浮动较大，但即便如此，也应合理确定一个加班费计算基数）。如果仅将基础工资作为加班费的计算基数，而忽略了绩效工资等固定组成部分，可能被视为不合法，因为它可能低于劳动者实际应得的加班费。
   • 法律后果：在这种情况下，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求按照实际应得的加班费进行支付。如果用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 建议：对于劳动者而言，如果发现自己的加班费计算基数不合理，应当及时与用人单位沟通协商，要求调整。如果协商无果，可以保留好相关证据（如工资条、加班记录等），以便在需要时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

额外提醒：

• 加班费的计算不仅涉及计算基数的问题，还涉及加班时间的认定、加班费的比例等多个方面。因此，在处理加班费问题时，需要综合考虑多个因素。
• 不同地区的劳动法律法规可能存在差异，因此在处理具体问题时，需要参考当地的法律法规和政策规定。

总结：工资分为基础工资和绩效工资时，加班费根据基础工资计算是否合法取决于劳动合同或规章制度中的约定以及当地法律法规的规定。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。