销售的水果变质，市场监管部门会根据具体情况进行处罚，主要处罚措施包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿，甚至吊销许可证等。以下是详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的规定，禁止生产经营腐败变质、油脂酸败、霉变生虫、污秽不洁、混有异物、掺假掺杂或者感官性状异常的食品、食品添加剂。销售变质的水果显然违反了这一规定。
二、市场监管部门的处罚措施
警告与责令改正：
- 对于初次违法且情节较轻的，市场监管部门可能会先给予警告，并责令立即改正，如下架变质水果、停止销售等。
罚款：
- 如果销售变质水果的行为较为严重，或者已经造成了不良后果，市场监管部门将根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度，处以相应数额的罚款。
- 罚款的数额可能根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条的规定，从货值金额不足一万元的处五万元以上十万元以下罚款，到货值金额一万元以上的处货值金额十倍以上二十倍以下罚款不等。
没收违法所得：
- 市场监管部门有权没收因销售变质水果而获得的违法所得，以消除违法行为的经济利益驱动。
责令停业整顿：
- 对于情节严重的违法行为，市场监管部门可能会责令商家停业整顿，直至符合食品安全标准后再恢复营业。
吊销许可证：
- 如果商家的违法行为极其严重，或者多次违法且拒不改正，市场监管部门有权吊销其食品经营许可证，禁止其继续从事食品经营活动。
三、其他注意事项
消费者权益保护：
- 消费者在购买到变质水果时，有权要求商家进行赔偿。根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，商家应当承担退货、换货、修理等责任，并可能需要根据情况支付赔偿金。
商家自我监管：
- 商家应当加强自我监管，确保销售的水果新鲜、安全。这包括建立严格的进货查验制度、定期检查库存水果的质量状况、及时处理变质水果等。
配合市场监管部门调查：
- 在市场监管部门进行调查时，商家应当积极配合，提供必要的证据和资料。如果商家拒不配合或者提供虚假信息，将可能面临更严重的法律后果。
在遇到此类问题时，建议商家及时咨询专业律师，了解具体的法律责任和应对策略，以降低法律风险。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。