结论前置：公司以员工未亲自去辞职为由不发工资的做法是不合法的。员工通过电话辞职，只要符合法律规定和公司规章制度，公司就应当按时足额支付工资。
法律背景与解释：
辞职方式：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，员工辞职通常需要提前通知用人单位。通知的方式可以是书面的，也可以是口头的，除非公司规章制度有特别规定。如果公司规章制度并未明确规定辞职必须亲自到场或书面形式，那么员工通过电话辞职也是有效的。
- 即便公司规章制度有规定辞职需书面形式，但员工因特殊情况（如紧急事务、突发疾病等）无法亲自提交书面辞职申请时，通过电话或其他方式通知并事后补交书面申请，也应视为有效辞职。
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 员工辞职后，公司无权以任何理由扣发或拖欠工资。如果公司以员工未亲自辞职为由不发工资，这构成了违法行为。
法律建议：
与公司协商：
- 首先，建议员工与公司进行友好协商，明确告知公司其辞职的合法性和公司支付工资的义务。
- 可以要求公司提供书面说明，解释为何以未亲自辞职为由不发工资，并指出这一做法的违法性。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 劳动监察部门将会对公司进行调查，并要求公司支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁委员会将会根据事实和法律规定，作出公正的裁决，要求公司支付工资及可能的赔偿金。
可能法律后果：
- 如果公司坚持不发工资，除了面临劳动监察部门的处罚外，还可能被劳动仲裁委员会裁决支付工资及赔偿金。
- 此外，公司的违法行为还可能影响其声誉和信誉，对未来的招聘和业务发展产生不利影响。
进一步思考：
- 员工在辞职时，应尽量了解并遵守公司的规章制度和劳动合同中的相关条款，以避免不必要的纠纷。
- 如果公司规章制度中确实存在关于辞职方式的特殊规定，员工应尽量按照规定执行，或与公司协商达成一致意见。
- 在任何情况下，员工都应保留好辞职的相关证据（如通话记录、短信、邮件等），以备不时之需。
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