结论：建筑公司总经理、副总、部长因工作被扣钱是否合理，需根据具体情况判断，包括扣钱的原因、依据以及是否符合法律法规和公司规章制度等。以下从多个角度进行分析：

一、扣钱原因与依据

1. 合法合规的扣钱：

   • 如果公司有明确的规章制度，且这些规章制度经过了合法的民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，那么公司依据这些规章制度对员工进行扣钱（如因迟到、早退、旷工、工作失误等造成的损失赔偿）可能是合法的。
   • 例如，若公司规章制度中明确规定了因员工个人原因导致公司财产损失的，员工需承担一定比例的赔偿责任，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司据此扣钱是合理的。

2. 违法违规的扣钱：

   • 如果公司扣钱没有明确的规章制度依据，或者规章制度本身违法（如规定员工必须无条件接受扣钱、扣钱比例过高且不合理等），那么公司的扣钱行为可能是违法的。
   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司无正当理由扣钱，员工有权要求公司返还被扣的工资，并可能要求公司支付经济补偿金。

二、扣钱程序与方式

1. 合法程序：

   • 公司在扣钱前，应当与员工进行充分的沟通，说明扣钱的原因、依据和金额，并听取员工的意见和申诉。
   • 如果员工对扣钱有异议，公司应当进行复核，并告知员工复核结果。

2. 违法方式：

   • 如果公司未经员工同意，擅自扣钱，或者扣钱方式不透明、不公正（如随意扣钱、扣钱金额不固定等），那么公司的扣钱行为可能是违法的。

三、特定职位的考虑

1. 高级管理人员：

   • 总经理、副总等高级管理人员虽然职位较高，但同样受《劳动法》和《劳动合同法》的保护。公司不得因其职位高而随意扣钱。
   • 如果高级管理人员与公司之间存在劳动合同或聘用协议，且协议中明确规定了工资、奖金等福利待遇，那么公司应当按照协议约定支付，不得擅自扣减。

2. 部门负责人：

   • 部门负责人作为公司的中层管理人员，同样享有劳动者的权益。公司扣钱时，应当遵循相同的法律原则和程序。

四、建议与行动

1. 核实规章制度：

   • 员工可以首先核实公司的规章制度，了解扣钱的具体依据和程序。

2. 与公司沟通：

   • 如果员工认为扣钱不合理或违法，可以与公司进行沟通，要求公司说明扣钱的原因和依据，并表达自己的异议和诉求。

3. 寻求法律援助：

   • 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结：建筑公司总经理、副总、部长因工作被扣钱是否合理，需根据具体情况判断。如果公司扣钱有合法合规的依据和程序，那么可能是合理的；如果公司扣钱没有依据或程序违法，那么员工有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。