总经理工资计入在建工程，可能违反了相关会计准则和税法规定。具体来说：
会计准则角度：
- 根据会计准则，职工薪酬应当根据其受益对象，分别计入相关成本或费用。对于总经理的工资，通常应计入管理费用或销售费用等，而不是直接计入在建工程。
- 在建工程通常指的是企业正在进行的、与固定资产购建直接相关的活动所发生的支出。将总经理工资计入在建工程，可能不符合会计准则对于成本归集的准确性要求。
税法角度：
- 在税法上，对于职工薪酬的税前扣除有明确规定。如果企业将总经理工资错误地计入在建工程，可能会导致税前扣除不准确，进而引发税务风险。
- 此外，税法对于在建工程的成本也有严格要求，如果其中包含了不应计入的费用，如总经理工资，可能会影响到企业所得税的计算和缴纳。
因此，将总经理工资计入在建工程可能违反了会计准则和税法规定，企业应按照相关规定进行正确的会计处理，以确保财务报表的准确性和合规性。如果你对此有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。