结论：单位在员工种植胚胎后来上班的情况下，可以与孕妇签订协议，但协议内容必须合法合规，且不得损害孕妇的合法权益。

详细分析：

1. 协议签订的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位与劳动者之间可以就工作内容、劳动条件、劳动报酬等事项签订协议。因此，在员工怀孕后，单位与其签订协议在法律上是可行的。
   • 但协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。例如，协议中不得包含对孕妇的歧视性条款，如降低工资、调整至不利岗位等。

2. 协议内容的合规性：

   • 协议应明确双方的权利和义务，包括但不限于工作内容、工作时间、劳动报酬、休息休假、社会保险等。
   • 针对孕妇的特殊情况，协议中可以包含对孕妇的特别保护条款，如提供必要的劳动保护、合理安排工作时间和强度、保障孕妇的休息权等。
   • 协议中不得包含对孕妇的非法限制或剥夺其合法权益的条款，如要求孕妇在孕期从事高风险工作、限制其请假权利等。

3. 孕妇的合法权益保护：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》等相关法律法规，孕妇在孕期、产期和哺乳期享有特殊的法律保护。
   • 用人单位在签订协议时，应充分考虑孕妇的生理和心理特点，确保协议内容不会对孕妇造成不利影响。
   • 如果协议内容违反法律法规或损害孕妇的合法权益，孕妇有权拒绝签订或要求修改协议，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

4. 实际操作建议：

   • 在签订协议前，用人单位应与孕妇进行充分沟通，了解其需求和意愿，确保协议内容符合双方利益。
   • 协议签订后，双方应严格遵守协议约定，如有争议应及时协商解决或寻求法律途径解决。
   • 用人单位应定期对协议执行情况进行检查和评估，确保协议内容得到有效执行且未对孕妇造成不利影响。

可能后果：

• 如果协议内容合法合规且得到双方认可，则协议签订后双方应按照协议约定履行各自义务，有助于维护和谐的劳动关系。
• 如果协议内容违反法律法规或损害孕妇的合法权益，则可能导致协议无效或被撤销，用人单位还可能面临法律责任和声誉损失。

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