怀孕期间单位是可以与员工签订协议的，但协议的内容必须合法合规，且不能损害员工的合法权益。以下从不同角度为你详细分析：
合法合规的协议签订
协议内容合法：单位与怀孕员工签订的协议，其内容必须符合国家法律法规的规定，不能包含任何违法或侵犯员工权益的条款。例如，协议中不能规定怀孕期间员工必须无条件接受调岗、降薪等不合理要求。
双方自愿签订：协议的签订必须是双方自愿的，单位不能强迫怀孕员工签订任何不利于其的协议。如果员工对协议内容有异议，有权拒绝签订，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
特殊保护下的协议签订
孕期保护：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》等相关法律法规，怀孕员工在孕期享有特殊的法律保护。单位在签订协议时，必须充分考虑这些保护措施，确保协议内容不会违反相关法律法规。
不得解除劳动合同：在怀孕期间，除非员工有严重违反单位规章制度等法定情形，否则单位不得单方面解除劳动合同。因此，如果单位试图通过签订协议来规避这一规定，是违法的，协议也将被视为无效。
协议签订的注意事项
明确协议目的：在签订协议前，双方应明确协议的目的和内容，确保协议条款清晰、明确，避免产生歧义或误解。
咨询专业意见：由于怀孕员工的法律地位较为特殊，建议在签订协议前咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保协议内容合法合规，并充分保护员工的合法权益。
保留相关证据：在签订协议过程中，双方应保留好相关证据，如协议文本、签字确认等，以备不时之需。
可能的法律后果
如果单位与怀孕员工签订的协议违反了相关法律法规或侵犯了员工的合法权益，员工有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认协议无效或撤销协议，并要求单位承担相应的法律责任。
总结与建议：怀孕期间单位可以与员工签订协议，但必须确保协议内容合法合规，且不损害员工的合法权益。在签订协议前，建议双方充分沟通、明确协议目的和内容，并咨询专业律师或法律顾问的意见。如果你有任何具体的协议内容或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答和建议。