怀孕期间单位让签医疗期协议是否违法，需分情况讨论：

1. 若医疗期协议内容合法且合理，不违反法律法规强制性规定：

   • 医疗期协议本身若是为了明确怀孕员工在医疗期内的权利与义务，如医疗期待遇、工作安排等，且内容不违反《劳动法》、《劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》等法律法规的强制性规定，那么签订这样的协议并不违法。
   • 例如，协议中明确规定了医疗期内的工资支付标准、医疗费用报销等合理条款，且没有剥夺或限制怀孕员工的合法权益，这样的协议是合法有效的。

2. 若医疗期协议内容违法或显失公平：

   • 如果医疗期协议中包含了违法条款，如要求怀孕员工在医疗期内承担不合理的义务、降低工资标准至低于法定最低工资标准、剥夺其享受法定医疗期的权利等，那么这样的协议是违法的。
   • 另外，如果协议内容显失公平，即一方利用优势或对方没有经验，致使双方的权利与义务明显违反公平、等价有偿的原则，那么这样的协议也可能被认定为无效或可撤销。例如，协议中规定怀孕员工在医疗期内必须无条件接受单位的工作安排，否则将承担违约责任，这样的条款可能因显失公平而被认定为无效。

法律建议：

• 对于怀孕员工而言，在签订医疗期协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己的合法权益不受侵害。如果发现协议中有违法或显失公平的条款，应及时向单位提出异议，并拒绝签订。
• 如果单位坚持要求签订违法或显失公平的医疗期协议，怀孕员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果怀孕员工签订了违法的医疗期协议，并因此遭受了损失，她有权要求单位承担赔偿责任。
• 同时，单位也可能因违反法律法规而面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。

总之，怀孕期间单位让签医疗期协议是否违法，取决于协议的内容是否合法且合理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。