事业单位工作人员擅自离职后，其档案中是否会记录不算工龄，需分情况讨论：
一、一般情况：擅自离职可能导致工龄中断
工龄计算原则：
- 工龄通常基于职工以工资收入为生活资料之全部或主要来源的工作时间计算。在事业单位中，工龄是员工福利待遇、退休金等权益的重要计算依据。
- 若工作人员未经单位批准擅自离职，这种行为通常违反了单位的劳动纪律和管理规定。根据相关规定及人事管理原则，自动离职人员连续工龄通常从重新参加工作之日起计算，自动离职前的工龄不计算为连续工龄。
档案记录影响：
- 事业单位在处理员工离职时，会按照规定更新员工档案。若员工擅自离职，单位可能会在档案中记录离职情况，并注明离职前的工龄不计算为连续工龄。
二、特殊情况：可能争取对之前工龄的认可
非本人主观意愿离职：
- 如果自动离职人员能提供充分证据证明其离职存在非本人主观意愿的合理因素，如因单位原因导致误解而离职，经过相关部门的调查核实和认定后，有可能争取对之前工龄的认可。但这种情况操作复杂，需经过严格审核程序。
被错误处理后恢复工作：
- 若工作人员因被单位错误处理而自动离职，后经复查纠正并恢复工作，其受错误处理的时间（含自动离职时间）可与恢复工作后的工作时间合并计算为连续工龄。
三、社保缴费年限不受影响
- 无论是否自动离职，只要单位和个人已按规定缴纳了社会保险费，这部分缴费年限依然有效。在符合养老金领取条件等情况下，可与后续缴费年限合并计算。
四、建议与操作
了解当地政策：
- 不同地区和不同单位对于工龄的计算可能有不同的规定和政策。因此，在处理擅自离职工龄计算问题时，应首先了解当地的具体政策规定。
咨询原单位人事部门：
- 如果对自己的工龄有疑问，可以咨询原单位的人事部门，了解单位对于自动离职员工工龄的计算方法和规定。
提供证据申诉：
- 若认为自己的离职情况符合特殊情形，可向当地的人力资源和社会保障部门咨询具体政策，并按照要求提供相关材料进行申诉和认定。
寻求法律帮助：
- 在处理此类问题时，若遇到复杂情况或争议，可考虑寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到妥善维护。
总结：事业单位工作人员擅自离职后，其档案中是否会记录不算工龄，需根据具体情况判断。一般情况下，自动离职前的工龄不予计算；但在特殊情况下，通过提供充分证据并经过严格审核程序，有可能争取对之前工龄的认可。同时，社保缴费年限不受自动离职影响，已缴纳的部分均予认可。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。