结论前置：事业单位工作人员自动离职后，其自动离职前的工龄一般不予计算，但存在特殊情况可争取对之前工龄的认可；同时，社保缴费年限不受自动离职影响，已缴纳的部分均予认可。
一、自动离职对工龄计算的一般影响
工龄计算原则：
- 工龄是反映职工在单位连续工作时间的重要指标，与职工的福利待遇、退休条件等密切相关。在事业单位中，工龄的准确计算尤为重要，它直接影响到员工的权益保障和未来的养老待遇。
- 根据相关法律法规及人事管理原则，职工在事业单位自动离职后，其离职期间的时间并不计入工龄，即自动离职会导致职工在事业单位的工龄计算中断。
除名处理的影响：
- 若自动离职被按除名处理，除名前的连续工龄在符合政策规定的情况下，理论上可以与重新就业后的工作时间合并计算。但实际操作中，如果因违反劳动纪律被除名，其除名前的连续工龄可能不能与重新就业后的工作时间合并计算，这取决于单位的具体规定和人事管理政策。
二、特殊情况下的工龄计算
非本人主观意愿离职：
- 如果自动离职人员能提供充分证据证明其离职存在非本人主观意愿的合理因素，如因单位原因导致误解而离职，经过相关部门的调查核实和认定后，有可能争取对之前工龄的认可。但这种情况操作复杂，需经过严格审核程序，且并非所有地区或单位都认可此类情况。
社保缴费年限的认可：
- 无论是否自动离职，只要在自动离职前单位和个人已按规定缴纳了社会保险费，这部分缴费年限依然有效。在符合养老金领取条件等情况下，已缴纳的社保缴费年限可与后续缴费年限合并计算，作为确定工龄和养老金待遇的基础。
三、操作建议与法律后果
了解当地政策：
- 面对自动离职工龄计算的问题，工作人员应首先了解当地的具体政策规定，这可能因地区而异。不同地区或单位对于自动离职工龄的计算可能存在差异，因此需要具体了解当地政策。
提供证据与申诉：
- 如有疑问或需要争取工龄认可，建议向当地的人力资源和社会保障部门咨询具体政策，并按照要求提供相关材料进行申诉和认定。在申诉过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张，如工作记录、社保缴纳证明等。
寻求专业帮助：
- 在处理此类问题时，也可考虑寻求专业法律顾问的帮助。专业法律顾问能够提供更具体、更专业的法律建议，帮助员工更好地维护自己的权益。
四、法律背景与依据
- 根据原劳动人事部保险福利局《关于除名职工重新参加工作后工龄计算问题的复函》（劳人险函〔1984〕3号）等文件精神，自动离职人员连续工龄通常从重新参加工作之日起计算，自动离职前的工龄不计算为连续工龄。这一规定体现了对单位劳动纪律和管理规定的尊重，同时也保护了单位的合法权益。
- 在机关事业单位养老保险制度改革后，工作人员的工龄主要依据其实际缴纳养老保险费的年限来确定。这一改革使得工龄的计算更加科学、合理，同时也更加注重员工的实际贡献和社保缴纳情况。
综上所述，事业单位工作人员自动离职后，其工龄计算需综合考虑多种因素。一般情况下，自动离职前的工龄不予计算；但在特殊情况下，通过提供充分证据并经过严格审核程序，有可能争取对之前工龄的认可。同时，社保缴费年限不受自动离职影响，已缴纳的部分均予认可。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。