结论：检察院不予起诉的案件，纪委通知单位扣工资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

分析：

1. 检察院不予起诉的含义：

   • 检察院不予起诉，通常意味着检察院认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，因此决定不向法院提起公诉。这并不代表被不起诉人没有过错或违法行为，只是从刑事法律的角度，其行为不构成犯罪。

2. 纪委的职责与权限：

   • 纪委是党内监督机构，负责监督党员和党组织的行为，查处违纪行为。纪委的调查和处理主要依据党纪党规，而非国家法律。当纪委发现党员有违纪行为时，可以依据党纪党规给予相应的纪律处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。

3. 单位扣工资的合法性：

   • 若扣工资基于党纪处分：如果纪委的调查导致了对被不起诉人的党纪处分，且该处分中包含了扣减工资的内容（如根据党纪规定给予的某种经济处罚），且这种处罚在党纪党规中有明确规定，且单位作为党组织的一部分执行了这一规定，那么从党纪的角度来看，这种扣减可能是合法的。但需要注意的是，党纪处分与国家法律是两个不同的体系，党纪处分不能直接替代或等同于国家法律上的处罚。
   • 若扣工资缺乏法律依据：如果纪委的通知或单位的扣减行为没有明确的法律依据，或者超出了党纪党规规定的范围，那么这种扣减工资的行为可能是不合法的。在这种情况下，被扣减工资的人有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

4. 具体情境下的合法性判断：

   • 在实际操作中，判断纪委通知单位扣工资是否合法，需要具体查看纪委的通知内容、单位扣减工资的依据以及相关的党纪党规和国家法律法规。如果纪委的通知是基于明确的党纪规定，且单位扣减工资的行为与这一规定相符，那么可能是合法的；反之，则可能是不合法的。

建议：

• 如果你面临这种情况，首先应当仔细审查纪委的通知和单位扣减工资的依据，看是否有明确的党纪党规或国家法律法规支持。
• 如果认为扣减工资的行为不合法，你可以向单位提出异议，要求单位提供合法的扣减依据。
• 如果单位无法提供合法的依据，或者你认为自己的权益受到了侵害，你可以向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。