单位不通知本人擅自以扣房屋为名扣工资是违法的。

首先，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或者拖欠。单位以扣房屋为名扣工资，实际上是对劳动者工资的非法扣减，违反了劳动法的相关规定。

其次，即使单位与劳动者之间存在关于房屋费用的约定，单位也应当在与劳动者进行充分沟通并达成一致后，才能按照约定进行扣减。单位不通知本人擅自扣减工资，剥夺了劳动者的知情权和异议权，同样违反了劳动法的相关规定。

因此，单位不通知本人擅自以扣房屋为名扣工资是违法的。如果劳动者遇到这种情况，可以向劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。在维权过程中，劳动者应当保留好相关证据，如工资单、劳动合同、扣款通知等，以便证明单位的违法行为。

总的来说，单位应当遵守劳动法的相关规定，尊重劳动者的合法权益，不得擅自扣减劳动者的工资。如果劳动者遇到单位违法扣减工资的情况，应当及时采取措施来维护自己的权益。