结论：公司工资发多了，过了几个月在未通知的情况下直接扣回，这种行为是否违法需分情况讨论。
分析：
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了工资发放错误时的处理方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同或规章制度执行，在发现工资多发后，有权要求员工返还多发的部分。但关键在于公司是否履行了通知义务。若合同或规章制度中明确要求公司在发现工资发放错误后需通知员工，而公司未通知就直接扣回，则可能构成违约，员工有权要求公司按照合同或规章制度的规定处理。
- 若劳动合同或公司规章制度中未明确规定工资发放错误的处理方式，公司则不能单方面直接扣回多发工资，而应与员工协商解决。
从劳动法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资的行为。如果公司未经员工同意，在未通知的情况下直接扣回多发工资，可能构成对劳动法的违反，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
从实际操作和公平原则的角度：
- 即使公司有权要求员工返还多发工资，从实际操作和公平原则出发，公司也应先与员工沟通，说明情况，并协商解决方案。直接扣回多发工资可能引发员工的不满和争议，不利于劳动关系的和谐稳定。
建议：
- 对于员工：如果发现公司未经通知直接扣回了多发工资，可以先与公司沟通，了解扣回的原因和依据。如果认为公司的行为违法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：在发现工资发放错误后，应及时与员工沟通，说明情况，并协商解决方案。如果确实需要扣回多发工资，应确保按照劳动合同或公司规章制度的规定执行，并履行通知义务，以避免引发不必要的争议和法律风险。
可能后果：
- 如果公司的行为被认定为违法或不合理，可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复员工工资等。
- 如果员工因此提起劳动仲裁或诉讼，公司可能需要投入大量的时间和精力来应对，并可能面临声誉损失等不利后果。
因此，公司在处理工资发放错误问题时，应谨慎行事，确保合法合规，并尽量与员工协商解决，以维护劳动关系的和谐稳定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。