单位没通过本人直接扣工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景
根据《劳动法》及相关法律法规，企业扣减员工工资须具备合法依据及明确约定。若因违反公司规章制度而被扣款，则该规章制度需经民主程序制定并向员工公示，且内容必须合理合法。在未经个人同意的情况下，公司违规扣除员工薪资属违法行为。
不同情况分析
- 因违反规章制度扣款
- 如果公司规章制度明确规定了某些行为会导致工资扣减，并且该规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时向员工进行了公示，员工也知晓该制度内容，那么在员工违反这些规定时，公司可以按照制度规定扣减工资。但扣减的金额和方式也必须合理合法，不能随意扣减。
- 例如，公司规章制度规定员工旷工一天扣当天工资的 200%，这种扣减方式可能就不合理，因为员工旷工一天最多只能扣当天工资，而不能额外多扣。
- 无合理依据扣款
- 若公司扣除工资没有合理合法的依据，像突然进行未提前告知的罚款，或者进行不合理的绩效扣减等，这种行为就是违法的。
- 比如，公司没有任何事先规定，就突然以员工工作态度不好为由扣除员工一部分工资，这就是没有合法依据的扣款行为。
法律建议
- 与公司沟通
当遇到公司未经同意扣除工资的情况，首先要查看劳动合同，里面会详细写明工资构成、发放方式等内容。然后和公司沟通，要求公司给出扣除工资的正当理由。
- 向劳动监察部门投诉
要是和公司沟通后没有结果，员工可以向劳动监察部门投诉。劳动监察部门会责令公司在规定期限内支付工资。如果公司逾期不支付，就会被责令按应付金额的百分之五十到百分之一百的标准向员工加付赔偿金。
- 申请劳动仲裁
员工也可以申请劳动仲裁，通过仲裁裁决让公司足额支付工资，还能主张相应的经济补偿。申请仲裁时，要准备好能证明劳动关系和工资情况的证据，比如劳动合同、工资条、考勤记录等，这样才能更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 对公司
如果公司被认定存在未经同意扣除工资的违法行为，除了要补发工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，以及在劳动仲裁中承担支付赔偿金等法律责任。
- 对员工
员工如果能够通过合法途径维护自己的权益，可以拿回被扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。但如果员工没有及时采取措施维护权益，可能会导致自己的损失扩大。
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