结论前置：员工在集团内两个不同单位工作后被辞退，其经济补偿金的计算需综合考虑工作年限的合并情况、月工资标准以及是否存在违法辞退等因素。具体来说，若两个单位属于关联企业且劳动者非因本人原因被安排调动，工作年限应合并计算；若不存在关联关系，则分别计算。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿的基本计算原则
按工作年限计算：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
月工资的确定：
- 月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若工作不满十二个月，则按实际工作的月数计算平均工资。
- 若劳动者的月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
二、关联企业工作年限的合并计算
- 合并计算的条件：若两个公司属于关联企业（如存在控股、管理关系等），且劳动者非因本人原因被安排从一个公司到另一个公司工作，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第十条：“劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。”，其在两个公司的工作年限应合并计算。
- 合并计算的意义：合并计算工作年限有助于确保劳动者在集团内流动时，其经济补偿权益不受损害。例如，若劳动者在集团内第一个公司工作了3年，后被安排到第二个公司工作2年，后被辞退，则其工作年限应合并计算为5年，按照每满一年支付一个月工资的标准，应获得5个月工资的经济补偿。
三、非关联企业工作年限的分别计算
- 若两个公司不存在关联关系，劳动者的工作年限应分别计算。即，仅考虑在最后一个公司的工作年限进行经济补偿。例如，若劳动者在第一个公司工作了2年，后离职并加入第二个公司工作1年，后被辞退，则其经济补偿仅基于在第二个公司的1年工作年限计算，应获得1个月工资的经济补偿。
四、违法辞退的赔偿金计算
- 若用人单位违反《中华人民共和国劳动合同法》规定解除或终止劳动合同，需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。即，赔偿金=经济补偿×2。例如，若劳动者因违法辞退应获得5个月工资的经济补偿，则其可获得的赔偿金为10个月工资。
五、实际操作建议
- 确认工作年限：劳动者在被辞退后，应首先确认自己在集团内各公司的工作年限，并判断是否符合合并计算的条件。
- 计算经济补偿：根据月工资标准和工作年限（合并或分别计算）计算出应得的经济补偿或赔偿金。计算公式为：经济补偿=月工资×工作年限（合并或分别计算）；若存在违法辞退，则赔偿金=经济补偿×2。
- 维护合法权益：如认为用人单位存在违法辞退行为或经济补偿计算有误，应及时通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，员工在集团内两个不同单位工作后被辞退的经济补偿金计算是一个复杂但有序的过程。劳动者应充分了解相关法律法规和计算原则，以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。