结论前置：公司发工资时产生的跨行手续费由谁承担，并没有统一的法律规定，而是取决于公司的具体政策、劳动合同中的相关条款以及员工与公司之间的协商结果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、费用承担的一般原则
根据中国人民银行等相关部门的规定，银行应确保基本支付服务的质量和效率，不得随意增加服务收费项目或提高收费标准。公司发放工资属于正常的薪酬支付行为，若通过合理、合规且符合行业惯例的方式进行，理论上不应被收取过高的跨行手续费。然而，在实际操作中，跨行手续费的具体承担方式往往由公司、银行和员工三方之间的协议或约定决定。
二、费用承担主体分析
公司承担：
- 情形说明：许多公司与银行签订代发工资业务协议时，会根据公司业务量、合作关系等因素，约定由公司承担跨行手续费。这尤其适用于公司希望确保工资发放的及时性和准确性，并愿意为此支付相应费用的情况。
- 法律依据：公司与银行之间形成委托代理关系，如合同中明确约定跨行手续费由公司承担，则公司有义务按约支付。
员工承担：
- 情形说明：在员工银行卡开户行与公司代发工资银行不一致的情况下，银行可能会要求员工承担跨行手续费。这通常发生在员工未按照公司要求使用指定银行账户接收工资时。
- 法律依据：需根据具体合同约定和相关规定判断。若银行已明确告知员工可能产生跨行手续费，且员工同意，则员工需承担相应费用。但值得注意的是，如果银行未明确告知或员工未同意，员工有权拒绝承担不合理费用。
综合考量：
- 实际操作：在实际操作中，费用的承担通常取决于公司的具体政策、劳动合同条款及员工与公司的协商。一些公司将承担这部分费用作为员工福利，以吸引和留住人才；而另一些公司则可能要求员工自行承担，以降低运营成本。
三、解决争议的方式
- 首先协商：如果公司或员工认为银行收取的跨行手续费不合理，应首先与银行进行协商，要求解释收费依据和标准，并寻求合理解决方案。
- 查阅合同与咨询：员工应查阅自己的劳动合同或咨询公司人力资源部门，了解公司关于跨行手续费的具体政策和规定。这有助于明确费用承担方，避免不必要的争议。
- 向监管部门投诉：如协商无果，公司可向中国人民银行等相关监管部门投诉，反映银行的不合理收费问题。监管部门有权监督和检查银行的收费行为，并根据相关规定作出处理。
四、法律建议
- 明确合同条款：建议公司在与员工签订劳动合同时，明确约定工资发放方式、跨行手续费的承担方等条款，以避免后续争议。
- 保留证据：如果公司或员工认为银行收取的跨行手续费不合理，应保留相关证据（如银行收费通知、合同条款等），以便在争议解决过程中维护自身权益。
- 及时咨询：如果遇到复杂的跨行手续费问题或争议无法解决，建议及时向我咨询，以便获得更专业的法律帮助。
综上所述，公司发工资时的跨行手续费承担问题需综合考虑多方面因素。在遇到争议时，应通过协商、查阅合同、向监管部门投诉等方式积极寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。