发工资时扣员工手续费一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律法规角度

根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这里的劳动报酬，通常指的是劳动者因提供劳动而应得的全部报酬，包括基本工资、奖金、津贴等，不应包含任何形式的手续费或其他额外扣除。

如果用人单位在发放工资时扣除手续费，这实际上是对劳动者劳动报酬的一种克扣，违反了上述法律法规的规定。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定和国家规定，足额支付劳动报酬，并有权对用人单位的违法行为进行投诉和举报。

实际操作角度

在实际操作中，如果用人单位确实需要扣除某些费用（如个人所得税、社会保险费等），这些扣除应当是基于法律法规的明确规定，并且应当在劳动合同中明确约定。手续费并不属于法律法规明确规定的可以扣除的费用范畴，因此用人单位无权在发放工资时扣除。

可能的法律后果

如果用人单位违反规定扣除员工手续费，可能会面临以下法律后果：

1. 劳动者投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为，要求用人单位补发被扣除的手续费，并可能面临劳动监察部门的处罚。
2. 劳动争议仲裁或诉讼：如果用人单位拒绝补发被扣除的手续费，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担法律责任。

建议与措施

1. 与用人单位协商：如果发现用人单位在发放工资时扣除了手续费，劳动者可以首先与用人单位进行协商，要求用人单位补发被扣除的费用。
2. 保留证据：劳动者应当保留好工资条、银行转账记录等相关证据，以便在需要时证明用人单位的违法行为。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以寻求法律援助，向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

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