预支工资扣手续费一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”通常指的是用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资的行为。预支工资本质上是劳动者提前领取自己应得的劳动报酬，用人单位因此扣除手续费，缺乏明确的法律依据，很可能被视为对劳动者工资的不当克扣。

合同角度

如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了预支工资的相关条款，包括是否可以预支、预支的条件以及是否扣除手续费等，那么双方应当按照合同约定执行。但即便如此，合同中的相关条款也必须符合法律法规的强制性规定，不得侵犯劳动者的合法权益。如果合同中的条款违反了法律法规，那么该条款将被视为无效，用人单位不能依据无效条款扣除手续费。

实际操作角度

在实际操作中，如果用人单位确实需要劳动者预支工资，并且希望避免潜在的法律风险，建议采取以下措施：

1. 与劳动者协商：在预支工资前，与劳动者进行充分沟通，说明预支的原因、金额以及是否扣除手续费等事项，并争取劳动者的同意。
2. 签订书面协议：如果劳动者同意预支工资并接受扣除手续费的条件，建议双方签订书面协议，明确预支的金额、手续费的比例以及还款方式等事项，以避免后续纠纷。
3. 遵守法律法规：无论采取何种方式预支工资，用人单位都必须遵守相关法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。

可能的法律后果

如果用人单位未经劳动者同意擅自扣除预支工资的手续费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请，要求用人单位返还被扣除的手续费，并可能要求用人单位支付相应的赔偿金。

建议：

• 作为劳动者，在预支工资前，务必与用人单位明确预支的金额、条件以及是否扣除手续费等事项，并保留好相关证据。
• 如果用人单位擅自扣除手续费，劳动者可以及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请，维护自己的合法权益。

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