企业跨行转账发工资并不违法。关键在于企业是否严格按照劳动合同约定的时间、金额与方式进行全额支付。跨行转账只是支付手段之一，只要企业能确保员工工资准时、无误地到账，且在财务处理上合规，就无需担心法律问题。
分析说明：
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位有权选择将工资支付给劳动者本人，包括通过银行代发的方式。这为企业采用跨行转账发工资提供了法律支持。
- 支付有效性：跨行转账作为一种支付方式，在现代支付体系中非常普遍。它提高了支付效率，方便了企业管理，同时也保障了员工的工资安全。只要企业确保跨行转账过程顺利，员工能够及时收到工资，这种方式就是有效的。
- 注意事项：虽然跨行转账发工资本身不违法，但企业在操作过程中仍需注意以下几点：
- 确保转账信息的准确性，避免因信息错误导致转账失败或延迟。
- 关注转账过程中的手续费问题，确保员工实际收到的工资数额与应发数额一致。
- 遵守税务和社保相关规定，确保工资发放的合法性。
总结：
综上所述，企业采用跨行转账方式发放工资是合法的，但前提是必须严格遵守劳动合同约定和相关法律法规。在操作过程中，企业应注重细节，确保转账的准确性和及时性，以维护员工的合法权益和企业的良好形象。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。